Determinism and boundedness of self-assembling structures.
Determinism and boundedness of self-assembling structures.
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自组装结构的决定论和有界性。
DOI：
10.1103/physreve.98.022113
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tesoro S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tesoro S
自组装过程在自然界中广泛存在，是许多生物和物理现象的核心。自组装积木的特性决定了它们形成的结构。两个重要的性质是自组装的决定性和有界性。前者告诉我们同一组积木是否总是生成相同的结构，后者告诉我们它是否无限增长。这些性质在蛋白质结构的背景下是高度相关的，因为确定性蛋白质自组装和非确定性蛋白质聚集之间的差异是许多疾病的核心。在这里，我们介绍了一个图形理论的方法，可以确定的确定性和有界性的几个几何形状和自组装的维数比传统的方法更准确，更快。我们将这种方法应用到以前研究的晶格自组装模型，并讨论了广泛的其他自组装系统的推广。
Self-assembly processes are widespread in nature and lie at the heart of many biological and physical phenomena. The characteristics of self-assembly building blocks determine the structures that they form. Two crucial properties are the determinism and boundedness of the self-assembly. The former tells us whether the same set of building blocks always generates the same structure, and the latter whether it grows indefinitely. These properties are highly relevant in the context of protein structures, as the difference between deterministic protein self-assembly and nondeterministic protein aggregation is central to a number of diseases. Here we introduce a graph theoretical approach that can determine the determinism and boundedness for several geometries and dimensionalities of self-assembly more accurately and quickly than conventional methods. We apply this methodology to a previously studied lattice self-assembly model and discuss generalizations to a wide range of other self-assembling systems.
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--
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通讯作者：
Leonard A
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