Whole-animal multiplexed single-cell RNA-seq reveals transcriptional shifts across Clytia medusa cell types.
Whole-animal multiplexed single-cell RNA-seq reveals transcriptional shifts across Clytia medusa cell types.
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DOI：
10.1126/sciadv.abh1683
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发表时间：
2021-11-26
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
Pachter L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chari T;Weissbourd B;Gehring J;Ferraioli A;Leclère L;Herl M;Gao F;Chevalier S;Copley RR;Houliston E;Anderson DJ;Pachter L
整个有机体扰动揭示了整个Clytia水母的单细胞反应。我们提出了一个有机体范围内，transcriptomic细胞图谱的水螅水母Clytia hemisphaerica，并描述了它的组成细胞类型响应扰动。使用多路复用的单细胞RNA测序，其中个别动物被索引，并从控制和扰动条件合并到一个单一的测序运行，我们避免了从批次效应的文物，并能够辨别响应于有机体扰动的细胞状态的变化。这项工作作为未来的发展，功能和再生研究的基础，在遗传上温顺的水母物种。此外，我们引入了一个强大的高分辨率，全动物，多路复用单细胞基因组学的工作流程，很容易适应其他传统或非传统的模式生物。
Whole-organism perturbations reveal single-cell responses across the Clytia medusa. We present an organism-wide, transcriptomic cell atlas of the hydrozoan medusa Clytia hemisphaerica and describe how its component cell types respond to perturbation. Using multiplexed single-cell RNA sequencing, in which individual animals were indexed and pooled from control and perturbation conditions into a single sequencing run, we avoid artifacts from batch effects and are able to discern shifts in cell state in response to organismal perturbations. This work serves as a foundation for future studies of development, function, and regeneration in a genetically tractable jellyfish species. Moreover, we introduce a powerful workflow for high-resolution, whole-animal, multiplexed single-cell genomics that is readily adaptable to other traditional or nontraditional model organisms.
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影响因子：
15.9
作者：
Bosch TCG;Klimovich A;Domazet-Lošo T;Gründer S;Holstein TW;Jékely G;Miller DJ;Murillo-Rincon AP;Rentzsch F;Richards GS;Schröder K;Technau U;Yuste R
通讯作者：
Yuste R
影响因子：
2.7
作者：
Denker, Elsa;Manuel, Michael;Rabet, Nicolas
通讯作者：
Rabet, Nicolas
影响因子：
7.7
作者：
Artigas, Gonzalo Quiroga;Lapebie, Pascal;Houliston, Evelyn
通讯作者：
Houliston, Evelyn
影响因子：
64.5
作者：
Dixit, Atray;Pamas, Oren;Li, Biyu;Chen, Jenny;Fulco, Charles P.;Jerby-Amon, Livnat;Marjanovic, Nemanja D.;Dionne, Danielle;Burks, Tyler;Raychowdhury, Raktima;Adamson, Britt;Norman, Thomas M.;Lander, Eric S.;Weissman, Jonathan S.;Friedman, Nir;Regev, Aviv
通讯作者：
Regev, Aviv
DOI：
10.1126/science.aaq0681
发表时间：
2018-10-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Gerber T;Murawala P;Knapp D;Masselink W;Schuez M;Hermann S;Gac-Santel M;Nowoshilow S;Kageyama J;Khattak S;Currie JD;Camp JG;Tanaka EM;Treutlein B
通讯作者：
Treutlein B