Single-cell barcode analysis provides a rapid readout of cellular signaling pathways in clinical specimens.
Single-cell barcode analysis provides a rapid readout of cellular signaling pathways in clinical specimens.
复制标题
DOI：
10.1038/s41467-018-07002-6
复制
发表时间：
2018-10-31
影响因子：
16.6
通讯作者：
Weissleder R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Giedt RJ;Pathania D;Carlson JCT;McFarland PJ;Del Castillo AF;Juric D;Weissleder R
连续的组织采样已经成为指导现代靶向和个性化癌症治疗的关键。图像引导下的核心活检的另一种选择是细针抽吸物(FNA)，它产生的是细胞而不是组织，但耐受性更好，并发症发生率更低。这种细胞在临床上的有效途径分析一直是困难、耗时和昂贵的。在这里，我们开发了一种抗体-DNA条形码方法，通过使用定制设计的寡核苷酸-荧光团连接物，收获的细胞可以快速重新染色。我们表明，这种方法可以用来在稀少的临床样本中询问与药物相关的通路。以乳腺癌中的PI3K/PTEN/CDK4/6通路为例，我们演示了如何在试验登记的同时进行分析，以及如何评估治疗抑制后的下游信号转导。这种方法应该允许在临床样本中更广泛地使用稀有单细胞材料。诊断测试需要优化，以避免侵入性和昂贵的重复活组织检查。在这里，作者提出了一种抗体-DNA条形码方法，其中收获的单个细胞可以通过定制的寡核苷酸-荧光团结合物重新染色，从而能够对癌症途径进行多路分析。
Serial tissue sampling has become essential in guiding modern targeted and personalized cancer treatments. An alternative to image guided core biopsies are fine needle aspirates (FNA) that yield cells rather than tissues but are much better tolerated and have lower complication rates. The efficient pathway analysis of such cells in the clinic has been difficult, time consuming and costly. Here we develop an antibody-DNA barcoding approach where harvested cells can be rapidly re-stained through the use of custom designed oligonucleotide-fluorophore conjugates. We show that this approach can be used to interrogate drug-relevant pathways in scant clinical samples. Using the PI3K/PTEN/CDK4/6 pathways in breast cancer as an example, we demonstrate how analysis can be performed in tandem with trial enrollment and can evaluate downstream signaling following therapeutic inhibition. This approach should allow more widespread use of scant single cell material in clinical samples. Diagnostic tests need optimization to avoid invasive and costly repeated biopsies. Here the authors present an antibody-DNA barcoding approach where harvested single cells can be re-stained through custom oligonucleotide-fluorophore conjugates, enabling multiplexed analysis of cancer pathways.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1186/s13058-016-0697-1
发表时间：
2016-04-05
期刊：
Breast cancer research : BCR
影响因子：
--
作者：
Leroy C;Ramos P;Cornille K;Bonenfant D;Fritsch C;Voshol H;Bentires-Alj M
通讯作者：
Bentires-Alj M
影响因子：
17.1
作者：
Elkabets M;Vora S;Juric D;Morse N;Mino-Kenudson M;Muranen T;Tao J;Campos AB;Rodon J;Ibrahim YH;Serra V;Rodrik-Outmezguine V;Hazra S;Singh S;Kim P;Quadt C;Liu M;Huang A;Rosen N;Engelman JA;Scaltriti M;Baselga J
通讯作者：
Baselga J
可光透明的DNA条形码 - 抗体结合物可以在单个细胞中敏感和多重蛋白质分析。
影响因子：
15
作者：
Agasti, Sarit S.;Liong, Monty;Peterson, Vanessa M.;Lee, Hakho;Weissleder, Ralph
通讯作者：
Weissleder, Ralph
IRF3和I型干扰物为心肌梗死提供了致命的反应。
影响因子：
82.9
作者：
King KR;Aguirre AD;Ye YX;Sun Y;Roh JD;Ng RP Jr;Kohler RH;Arlauckas SP;Iwamoto Y;Savol A;Sadreyev RI;Kelly M;Fitzgibbons TP;Fitzgerald KA;Mitchison T;Libby P;Nahrendorf M;Weissleder R
通讯作者：
Weissleder R
影响因子：
16.6
作者：
Gao R;Kim C;Sei E;Foukakis T;Crosetto N;Chan LK;Srinivasan M;Zhang H;Meric-Bernstam F;Navin N
通讯作者：
Navin N