Development and validation of a new high-throughput method to investigate the clonality of HTLV-1-infected cells based on provirus integration sites.
Development and validation of a new high-throughput method to investigate the clonality of HTLV-1-infected cells based on provirus integration sites.
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DOI：
10.1186/gm568
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Watanabe T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Firouzi S;López Y;Suzuki Y;Nakai K;Sugano S;Yamochi T;Watanabe T
感染人T细胞白血病病毒I型（HTLV-1）的T细胞的转化和克隆增殖导致成人T细胞白血病。我们利用下一代测序技术开发并内部验证了一种新的方法，用于分离整合位点并估计每个HTLV-1感染克隆中的细胞数量（克隆大小）。最初的分析是用感染者的DNA样本进行的。然后，我们使用具有已知整合位点和克隆性状态的适当对照来确认我们的系统的准确性，该系统确实在目前可用的技术中具有最小的误差。结果表明，潜在的临床和生物学应用的新方法。
Transformation and clonal proliferation of T-cells infected with human T-cell leukemia virus type-I (HTLV-1) cause adult T-cell leukemia. We took advantage of next-generation sequencing technology to develop and internally validate a new methodology for isolating integration sites and estimating the number of cells in each HTLV-1-infected clone (clone size). Initial analysis was performed with DNA samples from infected individuals. We then used appropriate controls with known integration sites and clonality status to confirm the accuracy of our system, which indeed had the least errors among the currently available techniques. Results suggest potential clinical and biological applications of the new method.
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