Using singular value decomposition to characterize protein-protein interactions by in-cell NMR spectroscopy.
Using singular value decomposition to characterize protein-protein interactions by in-cell NMR spectroscopy.
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使用奇异值分解来表征蛋白质 - 蛋白质相互作用，通过内部NMR光谱法表征。
DOI：
10.1002/cbic.201400030
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发表时间：
2014-05-05
期刊：
影响因子：
3.2
通讯作者：
Shekhtman, Alexander
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Majumder, Subhabrata;DeMott, Christopher M.;Burz, David S.;Shekhtman, Alexander
关键词：
模型蛋白质在细胞内和体外相互作用的方式之间的明显差异表明，胞质溶胶可能在调节蛋白质-蛋白质和/或蛋白质-配体相互作用方面具有深远的影响，而这种影响在体外未观察到。由于信噪比低，对与生理伙伴相互作用的目标蛋白的细胞内 NMR 谱的分析变得更加复杂，并且蛋白质-蛋白质相互作用研究中使用的长过表达时间可能会导致实验过程中细胞内谱的变化。为了在动态细胞背景下明确解析两个相互作用物种之间的主要结合模式，我们使用单值分解（SVD）分析了目标蛋白在其相互作用伴侣过度表达的时间过程中的细胞内光谱数据。 SVD 区分浓度依赖性和浓度非依赖性事件，并确定两个物种之间的主要结合模式。该分析表明涉及特定相互作用的一组氨基酸与之前的 NMR 分析不同，但与晶体学数据非常一致。
Distinct differences between how model proteins interact in-cell and in vitro suggest that cytosol may have a profound effect in modulating protein-protein and/or protein-ligand interactions that are not observed in vitro. Analyses of in-cell NMR spectra of target proteins interacting with physiological partners are further complicated by low signal to noise ratios, and the long over-expression times used in protein-protein interaction studies may lead to changes in the in-cell spectra over the course of the experiment. To unambiguously resolve the principal binding mode between two interacting species against the dynamic cellular background, we analyzed in-cell spectral data of a target protein over the time course of over-expression of its interacting partner by using Single Value Decomposition, SVD. SVD differentiates between concentration-dependent and concentration-independent events and identifies the principal binding mode between the two species. The analysis implicates a set of amino acids involved in the specific interaction that differs from previous NMR analyses but are in good agreement with crystallographic data.
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真核细胞中蛋白质的结构。
影响因子：
15
作者：
Bertrand K;Reverdatto S;Burz DS;Zitomer R;Shekhtman A
通讯作者：
Shekhtman A
影响因子：
15
作者：
Arai, Munehito;Ferreon, Josephine C.;Wright, Peter E.
通讯作者：
Wright, Peter E.
DOI：
10.1073/pnas.0604667103
发表时间：
2006-08-08
影响因子：
11.1
作者：
Selenko, Philipp;Serber, Zach;Wagner, Gerhard
通讯作者：
Wagner, Gerhard
影响因子：
--
作者：
Samanovic, Marie I;Li, Huilin;Darwin, K Heran
通讯作者：
Darwin, K Heran
影响因子：
16.8
作者：
Striebel, Frank;Imkamp, Frank;Weber-Ban, Eilika
通讯作者：
Weber-Ban, Eilika