Dysregulation of the mevalonate pathway during SARS-CoV-2 infection: An in silico study.
Dysregulation of the mevalonate pathway during SARS-CoV-2 infection: An in silico study.
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DOI：
10.1002/jmv.26743
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发表时间：
2021-04
影响因子：
12.7
通讯作者：
Brufsky, Adam M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Marti, Juan Luis Gomez;Wells, Alan;Brufsky, Adam M.
SARS-CoV-2 会引发先天免疫系统激活失调。由于甲羟戊酸途径 (MVP) 可防止炎症小体的激活和细胞因子的释放并调节内体运输，因此信号传导受损可能与 COVID-19 的病理生物学有关。此前对宿主细胞响应 SARS-CoV-2 感染的转录组学研究尚未报告 SARS-CoV-2 对 MVP 的影响。在这项研究中，我们访问了公共数据集，以报告基因表达的计算机调查。此外，我们提出了候选基因，这些基因被认为与 COVID-19 的发病机制有直接关联，并且可能依赖于来自 MVP 的信号。我们的结果揭示了 MVP 相关基因的失调。在研究感染 H3N2 流感病毒、H1N1 流感病毒或呼吸道合胞病毒的宿主细胞的基因表达数据时，没有发现这些结果。根据 Blanco-Melo 等人的说法，我们手动策划的基因集显示感染 SARS-CoV-2 的 A549 细胞中存在显着的基因表达变异。数据集（GSE147507）。根据目前的研究结果，SARS-CoV-2 可能会劫持 MVP，导致过度炎症反应。在未来的研究中应考虑用可用的药物迅速重建该途径。
SARS-CoV-2 triggers a dysregulated innate immune system activation. As the mevalonate pathway (MVP) prevents the activation of inflammasomes and cytokine release and regulates endosomal transport, compromised signaling could be associated with the pathobiology of COVID-19. Prior transcriptomic studies of host cells in response to SARS-CoV-2 infection have not reported to date the effects of SARS-CoV-2 on the MVP. In this study, we accessed public data sets to report in silico investigations into gene expression. In addition, we proposed candidate genes that are thought to have a direct association with the pathogenesis of COVID-19, and which may be dependent on signals derived from the MVP. Our results revealed dysregulation of genes involved in the MVP. These results were not found when investigating the gene expression data from host cells infected with H3N2 influenza virus, H1N1 influenza virus, or respiratory syncytial virus. Our manually curated gene set showed significant gene expression variability in A549 cells infected with SARS-CoV-2, as per Blanco-Melo et al. data set (GSE147507). In light of the present findings, SARS-CoV-2 could hijack the MVP, leading to hyperinflammatory responses. Prompt reconstitution of this pathway with available agents should be considered in future studies.
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