Damage-Net: A program for DNA repair meta-analysis identifies a network of novel repair genes that facilitate cancer evolution.
Damage-Net: A program for DNA repair meta-analysis identifies a network of novel repair genes that facilitate cancer evolution.
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Damage-Net：一个DNA修复元分析程序，确定了一个促进癌症进化的新型修复基因网络。
DOI：
10.1016/j.dnarep.2021.103158
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发表时间：
2021-09
期刊：
影响因子：
3.8
通讯作者：
Bushell M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bader AS;Bushell M
Damage-Net是一个可下载的程序，用于快速简单地对大型数据集进行荟萃分析。用户可以使用基于DNA修复的研究数据库中的数据集，也可以上传自己的数据进行分析。内置的泛癌症突变和生存分析允许查询感兴趣的基因在癌症中的DNA修复作用。对数据库的分析发现了一组新的DNA修复基因，并在肾上腺皮质癌中起主要作用。用于识别生物过程中新组分的全基因组方法的出现，包括CRISPR筛选和蛋白质组学研究，改变了生物科学的研究格局。然而，每项研究通常调查一个过程的一个方面，而没有整合其他已发表的数据集。在这里，我们介绍了Damage-Net，这是一个程序，其中包含来自广泛研究DNA修复的已发表结果的策划数据库，有助于简单快速的荟萃分析。用户可以合并自己的数据集进行分析，并在数据库中查询感兴趣的基因。重要的是，该程序还允许用户检查感兴趣的基因与泛癌症患者生存和突变负担效应的相关性。对这些数据集的研究揭示了一个基因网络，该网络通过促进突变负荷与肾上腺皮质癌的癌症进展相关，最终导致肾上腺皮质癌的预后不良。下载网址：www.damage-net.co.uk。
Damage-Net is a downloadable program for quick and easy meta-analysis of large datasets. Users can use the datasets in the curated database of DNA-repair based studies and also upload their own data for analysis. Built in pan-cancer mutation and survival analysis allows genes of interest to be queried for DNA-repair roles in cancer. Analysis of the database found a novel group of DNA repair genes and a major role for DNA-repair in adrenocortical carcinoma. The advent of genome-wide methods for identifying novel components in biological processes including CRISPR screens and proteomic studies, has transformed the research landscape within the biological sciences. However, each study normally investigates a single aspect of a process without integration of other published datasets. Here, we present Damage-Net, a program with a curated database of published results from a broad range of studies investigating DNA repair, that facilitates simple and quick meta-analysis. Users can incorporate their own datasets for analysis, and query genes of interest in the database. Importantly, this program also allows users to examine the correlation of genes of interest with pan-cancer patient survival and mutational burden effects. Interrogating these datasets revealed a network of genes that associated with cancer progression in adrenocortical carcinoma via facilitating mutational burden, ultimately contributing substantially to adrenocortical carcinoma’s poor prognosis. Download at www.damage-net.co.uk.
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影响因子：
16
作者：
Elia AE;Boardman AP;Wang DC;Huttlin EL;Everley RA;Dephoure N;Zhou C;Koren I;Gygi SP;Elledge SJ
通讯作者：
Elledge SJ
影响因子：
16
作者：
Beli, Petra;Lukashchuk, Natalia;Wagner, Sebastian A.;Weinert, Brian T.;Olsen, Jesper V.;Baskcomb, Linda;Mann, Matthias;Jackson, Stephen P.;Choudhary, Chunaram
通讯作者：
Choudhary, Chunaram
影响因子：
14.9
作者：
The Gene Ontology Consortium
通讯作者：
The Gene Ontology Consortium
影响因子：
14.9
作者：
Colaprico A;Silva TC;Olsen C;Garofano L;Cava C;Garolini D;Sabedot TS;Malta TM;Pagnotta SM;Castiglioni I;Ceccarelli M;Bontempi G;Noushmehr H
通讯作者：
Noushmehr H
影响因子：
5.8
作者：
Else, Tobias;Williams, Andrew R.;Hammer, Gary D.
通讯作者：
Hammer, Gary D.