Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice.
Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice.
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3,010 个不同亚洲栽培稻品种的基因组变异。
DOI：
10.1038/s41586-018-0063-9
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发表时间：
2018-05
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Leung H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang W;Mauleon R;Hu Z;Chebotarov D;Tai S;Wu Z;Li M;Zheng T;Fuentes RR;Zhang F;Mansueto L;Copetti D;Sanciangco M;Palis KC;Xu J;Sun C;Fu B;Zhang H;Gao Y;Zhao X;Shen F;Cui X;Yu H;Li Z;Chen M;Detras J;Zhou Y;Zhang X;Zhao Y;Kudrna D;Wang C;Li R;Jia B;Lu J;He X;Dong Z;Xu J;Li Y;Wang M;Shi J;Li J;Zhang D;Lee S;Hu W;Poliakov A;Dubchak I;Ulat VJ;Borja FN;Mendoza JR;Ali J;Li J;Gao Q;Niu Y;Yue Z;Naredo MEB;Talag J;Wang X;Li J;Fang X;Yin Y;Glaszmann JC;Zhang J;Li J;Hamilton RS;Wing RA;Ruan J;Zhang G;Wei C;Alexandrov N;McNally KL;Li Z;Leung H
在这里，我们分析了3,010个不同的亚洲栽培稻（Oryza sativa L.）的遗传变异，群体结构和多样性。3,000个水稻基因组计划的基因组。我们的研究结果与以前认识到的五个主要群体是一致的，但也提出了几个未报告的亚群与地理位置相关。我们确定了2900万个单核苷酸多态性，240万个小indel和超过90，000个结构变异，这些变异有助于群体内和群体间的变异。使用泛基因组分析，我们确定了超过10，000个新的全长蛋白质编码基因和大量的存在-不存在变异。在驯化基因中观察到的渐渗的复杂模式与多个独立的水稻驯化事件是一致的。3，000个水稻基因组项目的公开数据为水稻基因组研究和育种提供了资源。
Here we analyse genetic variation, population structure and diversity among 3,010 diverse Asian cultivated rice (Oryza sativaL.) genomes from the 3,000 Rice Genomes Project. Our results are consistent with the five major groups previously recognized, but also suggest several unreported subpopulations that correlate with geographic location. We identified 29 million single nucleotide polymorphisms, 2.4 million small indels and over 90,000 structural variations that contribute to within- and between-population variation. Using pan-genome analyses, we identified more than 10,000 novel full-length protein-coding genes and a high number of presence–absence variations. The complex patterns of introgression observed in domestication genes are consistent with multiple independent rice domestication events. The public availability of data from the 3,000 Rice Genomes Project provides a resource for rice genomics research and breeding.
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影响因子：
14.9
作者：
Finn RD;Clements J;Arndt W;Miller BL;Wheeler TJ;Schreiber F;Bateman A;Eddy SR
通讯作者：
Eddy SR
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts565
发表时间：
2012-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Fu L;Niu B;Zhu Z;Wu S;Li W
通讯作者：
Li W
影响因子：
9.2
作者：
Chang CC;Chow CC;Tellier LC;Vattikuti S;Purcell SM;Lee JJ
通讯作者：
Lee JJ
影响因子：
14.9
作者：
Alexandrov N;Tai S;Wang W;Mansueto L;Palis K;Fuentes RR;Ulat VJ;Chebotarov D;Zhang G;Li Z;Mauleon R;Hamilton RS;McNally KL
通讯作者：
McNally KL
影响因子：
1.2
作者：
Cingolani, Pablo;Platts, Adrian;Ruden, Douglas M.
通讯作者：
Ruden, Douglas M.