Beyond secondary structure: primary-sequence determinants license pri-miRNA hairpins for processing.
Beyond secondary structure: primary-sequence determinants license pri-miRNA hairpins for processing.
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DOI：
10.1016/j.cell.2013.01.031
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发表时间：
2013-02-14
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Bartel DP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Auyeung VC;Ulitsky I;McGeary SE;Bartel DP
为了使用microRNA来下调mRNA靶标，细胞必须首先处理来自初级转录物（pri-miRNAs）的这些~22 nt RNA。这些转录物形成对加工重要的RNA发夹，但额外的决定因素必须将pri-miRNA与每个细胞中表达的许多其他含有发夹的转录物区分开来。为了说明这种识别的复杂性，我们发现大多数秀丽隐杆线虫pri-miRNAs缺乏在人类细胞中加工所需的决定因素。为了找到这些决定因素，我们生成了四种人类pri-miRNAs的>1011个变体，对数百万个保留功能的变体进行了测序，并将它们与起始变体进行了比较。我们的研究结果证实了在干配对的重要性，并揭示了三个一级序列的决定因素，包括SRp 20结合基序（CNNC）的下游发现的大多数pri-miRNA发夹在bilaterian动物，但不是在线虫。把这个和其他决定因素加到C上。elegans pri-miRNAs在人类细胞中进行了有效的加工，从而证实了一级序列决定簇对于区分pri-miRNAs与其他含有发夹的转录物的重要性。
To use microRNAs to down-regulate mRNA targets, cells must first process these ~22 nt RNAs from primary transcripts (pri-miRNAs). These transcripts form RNA hairpins important for processing, but additional determinants must distinguish pri-miRNAs from the many other hairpin-containing transcripts expressed in each cell. Illustrating the complexity of this recognition, we show that most Caenorhabditis elegans pri-miRNAs lack determinants required for processing in human cells. To find these determinants, we generated >1011 variants of four human pri-miRNAs, sequenced millions that retained function and compared them with the starting variants. Our results confirmed the importance of pairing in the stem and revealed three primary-sequence determinants, including an SRp20-binding motif (CNNC) found downstream of most pri-miRNA hairpins in bilaterian animals but not in nematodes. Adding this and other determinants to C. elegans pri-miRNAs imparted efficient processing in human cells, thereby confirming the importance of primary-sequence determinants for distinguishing pri-miRNAs from other hairpin-containing transcripts.
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影响因子：
11.4
作者：
Bedard, Kristin M.;Daijogo, Sarah;Semler, Bert L.
通讯作者：
Semler, Bert L.
DOI：
10.1016/j.bbagrm.2011.05.015
发表时间：
2011-11
影响因子：
4.7
作者：
Feng, Yong;Zhang, Xiaoxiao;Song, Qingfeng;Li, Tongbin;Zeng, Yan
通讯作者：
Zeng, Yan
影响因子：
30.8
作者：
Bentwich, I;Avniel, A;Bentwich, Z
通讯作者：
Bentwich, Z
影响因子：
10.5
作者：
Babiarz, Joshua E.;Ruby, J. Graham;Blelloch, Robert
通讯作者：
Blelloch, Robert
影响因子：
64.5
作者：
Han, Jinju;Lee, Yoontae;Kim, V. Narry
通讯作者：
Kim, V. Narry