WeightedLD: The Application of Sequence Weights to Linkage Disequilibrium
WeightedLD: The Application of Sequence Weights to Linkage Disequilibrium
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WeightedLD：序列权重在连锁不平衡中的应用
DOI：
10.1101/2021.06.04.447093
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Charles O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Charles O
Sequence-weighting methods are commonly employed to account for biases in sequence datasets. We use a weighting scheme which considers the observed distinctiveness of sequences and apply it to calculations of linkage disequilibrium. Each sequence now contributes a weighted score to linkage disequilibrium measurements of pairwise loci. We demonstrate that this reduces the effect of uneven sampling, as underrepresented groups of sequences will each contribute more individually than redundant, similar sequences.AvailabilitySource code for a python and rust implementation are freely available at under an MIT license at github.com/ojcharles/WeightedLD.Contactr.goldstein@ucl.ac.uk or oscar.charles.18@ucl.ac.uk
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