JASPAR 2018: update of the open-access database of transcription factor binding profiles and its web framework.
JASPAR 2018: update of the open-access database of transcription factor binding profiles and its web framework.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1126
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mathelier A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khan A;Fornes O;Stigliani A;Gheorghe M;Castro-Mondragon JA;van der Lee R;Bessy A;Chèneby J;Kulkarni SR;Tan G;Baranasic D;Arenillas DJ;Sandelin A;Vandepoele K;Lenhard B;Ballester B;Wasserman WW;Parcy F;Mathelier A
JASPAR（http://jaspar.genereg.net）是一个开放获取的数据库，其中包含经过整理的、无冗余的转录因子（TF）结合谱，这些结合谱以位置频率矩阵（PFMs）和转录因子灵活模型（TFFMs）的形式存储，涵盖六个分类群中多个物种的转录因子。在2018年发布的JASPAR中，核心数据集增加了322个新的PFMs（脊椎动物60个，植物262个），并且更新了33个PFMs（脊椎动物24个，植物8个，昆虫1个）。与2016年发布的版本相比，这些新的图谱代表了30%的扩充。此外，我们还引入了316个TFFMs（脊椎动物95个，植物218个，昆虫3个）。此版本在每个分类单元以及每个分类单元的每个转录因子类别中纳入了相似PFMs的聚类。JASPAR 2018核心脊椎动物PFMs数据集被用于预测人类基因组中的转录因子结合位点。这些预测结果通过UCSC基因组浏览器轨道数据中心提供给科学界。最后，此次更新采用了一个新的网络框架，具有交互式和响应式的用户界面以及新的功能。所有基础数据都可以通过RESTful API以及JASPAR 2018 R/Bioconductor软件包以编程方式获取。
JASPAR (http://jaspar.genereg.net) is an open-access database of curated, non-redundant transcription factor (TF)-binding profiles stored as position frequency matrices (PFMs) and TF flexible models (TFFMs) for TFs across multiple species in six taxonomic groups. In the 2018 release of JASPAR, the CORE collection has been expanded with 322 new PFMs (60 for vertebrates and 262 for plants) and 33 PFMs were updated (24 for vertebrates, 8 for plants and 1 for insects). These new profiles represent a 30% expansion compared to the 2016 release. In addition, we have introduced 316 TFFMs (95 for vertebrates, 218 for plants and 3 for insects). This release incorporates clusters of similar PFMs in each taxon and each TF class per taxon. The JASPAR 2018 CORE vertebrate collection of PFMs was used to predict TF-binding sites in the human genome. The predictions are made available to the scientific community through a UCSC Genome Browser track data hub. Finally, this update comes with a new web framework with an interactive and responsive user-interface, along with new features. All the underlying data can be retrieved programmatically using a RESTful API and through the JASPAR 2018 R/Bioconductor package.
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DOI：
10.1126/science.1162327
发表时间：
2009-06-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Badis G;Berger MF;Philippakis AA;Talukder S;Gehrke AR;Jaeger SA;Chan ET;Metzler G;Vedenko A;Chen X;Kuznetsov H;Wang CF;Coburn D;Newburger DE;Morris Q;Hughes TR;Bulyk ML
通讯作者：
Bulyk ML
DOI：
10.1073/pnas.1316278111
发表时间：
2014-02-11
影响因子：
11.1
作者：
Franco-Zorrilla, Jose M.;Lopez-Vidriero, Irene;Solano, Roberto
通讯作者：
Solano, Roberto
影响因子：
14.9
作者：
Bulyk, ML;Johnson, PLF;Church, GM
通讯作者：
Church, GM
影响因子：
48
作者：
Isakova, Alina;Groux, Romain;Deplancke, Bart
通讯作者：
Deplancke, Bart
影响因子：
14.9
作者：
Mathelier A;Fornes O;Arenillas DJ;Chen CY;Denay G;Lee J;Shi W;Shyr C;Tan G;Worsley-Hunt R;Zhang AW;Parcy F;Lenhard B;Sandelin A;Wasserman WW
通讯作者：
Wasserman WW