Identification of a pan-cancer oncogenic microRNA superfamily anchored by a central core seed motif.
Identification of a pan-cancer oncogenic microRNA superfamily anchored by a central core seed motif.
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DOI：
10.1038/ncomms3730
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发表时间：
2013
影响因子：
16.6
通讯作者：
McGuire SE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hamilton MP;Rajapakshe K;Hartig SM;Reva B;McLellan MD;Kandoth C;Ding L;Zack TI;Gunaratne PH;Wheeler DA;Coarfa C;McGuire SE
MicroRNAs通过抑制特定基因来调节肿瘤的发生。由于许多肿瘤类型依赖于重叠的致癌途径，因此可能存在一组核心的microRNAs，它们持续地驱动或抑制许多癌症类型的肿瘤发生。在这里，我们将癌症基因组图谱(TCGA)泛癌症数据集与由公开可获得的ArgAerte交联免疫沉淀(AGO-CLIP)数据组成的microRNA靶标图谱相结合，以确定癌症的泛肿瘤microRNA驱动因素。通过这一分析，我们展示了一个泛癌症、共调节的致癌microRNA‘超家族’，由miR-17、miR-19、miR-130、miR-93、miR-18、miR-455和miR-210种子家族组成，通过一个中心GUGC核心基序共同靶向关键的肿瘤抑制基因。随后，我们使用AGO-CLIP microRNA靶标图谱和TCGA外显子组测序数据定义了microRNA靶点的突变。这些联合分析确定了miR-17-19-130超家族成员对磷脂酰肌醇3-激酶、转化生长因子β和p53通路的泛癌共同靶向。AGO-CLIP允许识别miRNA靶基因。在这里，汉密尔顿等人。汇编公开可用的AGO-CLIP数据，并将这些信息与癌症基因组图谱中的miRNA分析结合起来，从而能够识别以肿瘤抑制基因为靶点的致癌miRNA超家族。
MicroRNAs modulate tumorigenesis through suppression of specific genes. As many tumour types rely on overlapping oncogenic pathways, a core set of microRNAs may exist, which consistently drives or suppresses tumorigenesis in many cancer types. Here we integrate The Cancer Genome Atlas (TCGA) pan-cancer data set with a microRNA target atlas composed of publicly available Argonaute Crosslinking Immunoprecipitation (AGO-CLIP) data to identify pan-tumour microRNA drivers of cancer. Through this analysis, we show a pan-cancer, coregulated oncogenic microRNA ‘superfamily’ consisting of the miR-17, miR-19, miR-130, miR-93, miR-18, miR-455 and miR-210 seed families, which cotargets critical tumour suppressors via a central GUGC core motif. We subsequently define mutations in microRNA target sites using the AGO-CLIP microRNA target atlas and TCGA exome-sequencing data. These combined analyses identify pan-cancer oncogenic cotargeting of the phosphoinositide 3-kinase, TGFβ and p53 pathways by the miR-17-19-130 superfamily members. AGO-CLIP permits the identification of miRNA target genes. Here, Hamilton et al. compile publicly available AGO-CLIP data and combine this information with miRNA analysis from The Cancer Genome Atlas, permitting the identification of an oncogenic miRNA superfamily that targets tumour suppressor genes.
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影响因子：
8
作者：
Kim, K.;Chadalapaka, G.;Lee, S-O;Yamada, D.;Sastre-Garau, X.;Defossez, P-A;Park, Y-Y;Lee, J-S;Safe, S.
通讯作者：
Safe, S.
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作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
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14.9
作者：
Betel D;Wilson M;Gabow A;Marks DS;Sander C
通讯作者：
Sander C
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64.5
作者：
Helwak A;Kudla G;Dudnakova T;Tollervey D
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作者：
Haecker I;Gay LA;Yang Y;Hu J;Morse AM;McIntyre LM;Renne R
通讯作者：
Renne R