PockDrug-Server: a new web server for predicting pocket druggability on holo and apo proteins.
PockDrug-Server: a new web server for predicting pocket druggability on holo and apo proteins.
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DOI：
10.1093/nar/gkv462
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Camproux AC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hussein HA;Borrel A;Geneix C;Petitjean M;Regad L;Camproux AC
预测蛋白质口袋以高亲和力结合药物样分子的能力，即药物可药性，在药物发现的靶点鉴定阶段具有重要意义。因此，囊袋可药性研究代表了化合物临床进展项目的关键步骤。目前，尽管口袋估计的不确定性，但计算药物可接受性预测模型被附加到一个独特的口袋估计方法。在本文中，我们提出了“PockDrug-Server”来预测口袋的可药用性，有效地用于（i）由配体接近度（通过接近来自全息蛋白质结构的配体提取）指导的估计口袋和（ii）仅基于蛋白质结构信息（基于形成潜在结合腔表面的氨基原子）的估计口袋。PockDrug-Server使用不同的口袋估计方法提供一致的可药性结果。它对于口袋边界和估计不确定性是鲁棒的，因此有效地使用具有挑战性的估计的apo口袋。它使用不同的估计方法清楚地区分了可药物化的口袋和可药物化的口袋，并优于最近的载脂蛋白口袋的可药物化模型。它可以使用我们的网络服务器提出的不同口袋估计方法从一种或一组apo/holo蛋白进行，也可以从用户之前估计的任何口袋进行。PockDrug-Server可在http://pockdrug.rpbs.univ-paris-diderot.fr上公开获取。
Predicting protein pocket's ability to bind drug-like molecules with high affinity, i.e. druggability, is of major interest in the target identification phase of drug discovery. Therefore, pocket druggability investigations represent a key step of compound clinical progression projects. Currently computational druggability prediction models are attached to one unique pocket estimation method despite pocket estimation uncertainties. In this paper, we propose ‘PockDrug-Server’ to predict pocket druggability, efficient on both (i) estimated pockets guided by the ligand proximity (extracted by proximity to a ligand from a holo protein structure) and (ii) estimated pockets based solely on protein structure information (based on amino atoms that form the surface of potential binding cavities). PockDrug-Server provides consistent druggability results using different pocket estimation methods. It is robust with respect to pocket boundary and estimation uncertainties, thus efficient using apo pockets that are challenging to estimate. It clearly distinguishes druggable from less druggable pockets using different estimation methods and outperformed recent druggability models for apo pockets. It can be carried out from one or a set of apo/holo proteins using different pocket estimation methods proposed by our web server or from any pocket previously estimated by the user. PockDrug-Server is publicly available at: http://pockdrug.rpbs.univ-paris-diderot.fr.
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