Chromosome-Scale Genome Assembly of the Resurrection Plant Acanthochlamys bracteata (Velloziaceae).
Chromosome-Scale Genome Assembly of the Resurrection Plant Acanthochlamys bracteata (Velloziaceae).
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复活植物 Acanthochlamys bracteata（Velloziaceae）的染色体规模基因组组装
DOI：
10.1093/gbe/evab147
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发表时间：
2021-08-03
影响因子：
3.3
通讯作者：
Jin XH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gao ZY;Li ZH;Lin DL;Jin XH
刺苞草（Acanthochlamys bracteata）是一种耐寒复活植物。本文中，A.报道了基于Nanopore、Illumina和Hi-C数据的小苞片花属植物的基因组数据。高质量组装的基因组为197.97 Mb，支架N50值为8.64 Mb，重叠群N50值为6.96 Mb。我们注释了23，509个蛋白质编码基因。共检测到8个收缩基因家族和3个扩展基因家族。重复序列约占基因组的28.63%。与脱水抗性相关的LEA 1和脱水素基因家族在A.苞片。我们鉴定了与耐冷性相关的基因COLD 1。
Acanthochlamys bracteata (Velloziaceae) is a resurrection plant with cold tolerance. Herein, a chromosome-level reference genome of A. bracteata based on Nanopore, Illumina, and Hi-C data is reported. The high-quality assembled genome was 197.97 Mb, with a scaffold N50 value of 8.64 Mb and a contig N50 value of 6.96 Mb. We annotated 23,509 protein-coding genes. Eight contracted gene families and three expanded gene families were detected. Repeat sequences accounted for approximately 28.63% of the genome. The LEA1 and Dehydrin gene families, which are involved in desiccation resistance, expanded in A. bracteata. We identified genes involved in chilling tolerance, COLD1.
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