Elucidating the genetic architecture of DNA methylation to identify promising molecular mechanisms of disease.
Elucidating the genetic architecture of DNA methylation to identify promising molecular mechanisms of disease.
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阐明DNA甲基化的遗传结构，以鉴定有希望的疾病分子机制。
DOI：
10.1038/s41598-022-24100-0
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发表时间：
2022-11-15
影响因子：
4.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
DNA甲基化通常发生在胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤位点（CpG），可以作为许多疾病的生物标志物。我们分析了全基因组测序数据，以确定4126例心脏病研究参与者的DNA甲基化数量性状位点（mQTL）。我们的mQTL定位在P <1 e −7时鉴定出94，362，817个顺式mQTL变体-CpG对（210，156个独特的常染色体CpG），在P <1 e −14时鉴定出33，572，145个反式mQTL变体-CpG对（213，606个独特的常染色体CpG）。使用与7个心血管疾病（CVD）风险因素相关的1258个CpG的顺式mQTL变体，我们发现了104个与至少一个CVD性状共定位的独特CpG。例如，cg 11554650（PPP 1 R18）与2型糖尿病共定位，并由单核苷酸多态性（rs 2516396）驱动。我们进行了孟德尔随机化（MR）分析，并证明了58个CVD风险因素相关CpG与一个或多个风险因素（例如，cg 05337441 [APOB]与LDL; MR P = 1.2e−99，与冠状动脉疾病有17种因果关系（例如cg 08129017 [SREBF 1]与冠状动脉疾病; MR P = 5e−13）。我们还表明，三个CpG，例如，cg 14893161（PM20 D1）与COVID-19严重程度存在因果关系。为了帮助未来分析DNA甲基化在疾病发病机制中的作用，我们在国家心脏，肺和血液研究所的BioData Catalyst上发布了一个全面的摘要数据集。
DNA methylation commonly occurs at cytosine-phosphate-guanine sites (CpGs) that can serve as biomarkers for many diseases. We analyzed whole genome sequencing data to identify DNA methylation quantitative trait loci (mQTLs) in 4126 Framingham Heart Study participants. Our mQTL mapping identified 94,362,817 cis-mQTLvariant-CpG pairs (for 210,156 unique autosomal CpGs) at P < 1e−7 and 33,572,145 trans-mQTL variant-CpG pairs (for 213,606 unique autosomal CpGs) at P < 1e−14. Using cis-mQTL variants for 1258 CpGs associated with seven cardiovascular disease (CVD) risk factors, we found 104 unique CpGs that colocalized with at least one CVD trait. For example, cg11554650 (PPP1R18) colocalized with type 2 diabetes, and was driven by a single nucleotide polymorphism (rs2516396). We performed Mendelian randomization (MR) analysis and demonstrated 58 putatively causal relations of CVD risk factor-associated CpGs to one or more risk factors (e.g., cg05337441 [APOB] with LDL; MR P = 1.2e−99, and 17 causal associations with coronary artery disease (e.g. cg08129017 [SREBF1] with coronary artery disease; MR P = 5e−13). We also showed that three CpGs, e.g., cg14893161 (PM20D1), are putatively causally associated with COVID-19 severity. To assist in future analyses of the role of DNA methylation in disease pathogenesis, we have posted a comprehensive summary data set in the National Heart, Lung, and Blood Institute’s BioData Catalyst.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
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作者：
Buniello, Annalisa;MacArthur, Jacqueline A. L.;Parkinson, Helen
通讯作者：
Parkinson, Helen
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16.6
作者：
Huan, Tianxiao;Joehanes, Roby;Leyy, Daniel
通讯作者：
Leyy, Daniel
DOI：
10.1136/bmj.k601
发表时间：
2018-07-12
期刊：
BMJ (Clinical research ed.)
影响因子：
--
作者：
Davies NM;Holmes MV;Davey Smith G
通讯作者：
Davey Smith G
影响因子：
9.8
作者：
Hannon E;Gorrie-Stone TJ;Smart MC;Burrage J;Hughes A;Bao Y;Kumari M;Schalkwyk LC;Mill J
通讯作者：
Mill J