KnotProt: a database of proteins with knots and slipknots.
KnotProt: a database of proteins with knots and slipknots.
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DOI：
10.1093/nar/gku1059
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sulkowska JI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jamroz M;Niemyska W;Rawdon EJ;Stasiak A;Millett KC;Sułkowski P;Sulkowska JI
蛋白质拓扑学数据库KnotProt，http：//knotprot.cent.uw.edu.pl/，收集关于具有形成结或滑结的开放多肽链的蛋白质结构的信息。编目蛋白质的打结复杂性以矩阵图的形式呈现，该矩阵图向用户显示整个多肽链及其每个子链的结类型。矩阵中可见的模式给出了给定蛋白质的打结指纹，并允许用户确定例如打结区域的最小长度（结的核心大小）或结的深度，即在将其从结转换为不同类型的结之前，可以从编目蛋白质结构的任一端去除多少氨基酸。此外，该数据库还提供了关于具有非平凡打结的蛋白质的生物学功能、家族和折叠类型的广泛信息。作为一个额外的功能，KnotProt数据库使用户能够提交蛋白质或聚合物链，并生成他们的打结指纹。
The protein topology database KnotProt, http://knotprot.cent.uw.edu.pl/, collects information about protein structures with open polypeptide chains forming knots or slipknots. The knotting complexity of the cataloged proteins is presented in the form of a matrix diagram that shows users the knot type of the entire polypeptide chain and of each of its subchains. The pattern visible in the matrix gives the knotting fingerprint of a given protein and permits users to determine, for example, the minimal length of the knotted regions (knot's core size) or the depth of a knot, i.e. how many amino acids can be removed from either end of the cataloged protein structure before converting it from a knot to a different type of knot. In addition, the database presents extensive information about the biological functions, families and fold types of proteins with non-trivial knotting. As an additional feature, the KnotProt database enables users to submit protein or polymer chains and generate their knotting fingerprints.
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影响因子：
14.9
作者：
Sillitoe I;Cuff AL;Dessailly BH;Dawson NL;Furnham N;Lee D;Lees JG;Lewis TE;Studer RA;Rentzsch R;Yeats C;Thornton JM;Orengo CA
通讯作者：
Orengo CA
DOI：
10.1073/pnas.1205918109
发表时间：
2012-06-26
影响因子：
11.1
作者：
Sulkowska, Joanna I.;Rawdon, Eric J.;Stasiak, Andrzej
通讯作者：
Stasiak, Andrzej
影响因子：
14.8
作者：
Mallam, Anna L.;Jackson, Sophie E.
通讯作者：
Jackson, Sophie E.
影响因子：
5.8
作者：
Lua, Rhonald C.
通讯作者：
Lua, Rhonald C.
影响因子：
3.9
作者：
Millett, Kenneth C.;Rawdon, Eric J.;Sulkowska, Joanna I.
通讯作者：
Sulkowska, Joanna I.