New functional families (FunFams) in CATH to improve the mapping of conserved functional sites to 3D structures.
New functional families (FunFams) in CATH to improve the mapping of conserved functional sites to 3D structures.
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DOI：
10.1093/nar/gks1211
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Orengo CA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sillitoe I;Cuff AL;Dessailly BH;Dawson NL;Furnham N;Lee D;Lees JG;Lewis TE;Studer RA;Rentzsch R;Yeats C;Thornton JM;Orengo CA
CATH版本3.5（Class，Architecture，Topology，Homology，可在http：//www.cathdb.info/上获得）包含173536个结构域、2626个同源超家族和1313个折叠组。当关注结构基因组学（SG）结构时，我们观察到CATH v3.5的新折叠数量略少于以前的版本，这一观察结果表明，我们现在可能知道大多数折叠易于进行结构测定。我们已经提高了我们的功能家族（FunFams）子分类方法的准确性，并且CATH序列域搜索工具已经扩展到为每个域提供FunFam注释。CATH网站已重新设计。我们已经改进了功能数据的显示和与每个CATH超家族内的FunFams相关的保守序列特征的显示。
CATH version 3.5 (Class, Architecture, Topology, Homology, available at http://www.cathdb.info/) contains 173 536 domains, 2626 homologous superfamilies and 1313 fold groups. When focusing on structural genomics (SG) structures, we observe that the number of new folds for CATH v3.5 is slightly less than for previous releases, and this observation suggests that we may now know the majority of folds that are easily accessible to structure determination. We have improved the accuracy of our functional family (FunFams) sub-classification method and the CATH sequence domain search facility has been extended to provide FunFam annotations for each domain. The CATH website has been redesigned. We have improved the display of functional data and of conserved sequence features associated with FunFams within each CATH superfamily.
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