Metabolomics in systems microbiology.
Metabolomics in systems microbiology.
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DOI：
10.1016/j.copbio.2010.10.001
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发表时间：
2011-02
影响因子：
7.7
通讯作者：
Rabinowitz, Joshua D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Reaves, Marshall Louis;Rabinowitz, Joshua D.
由于微生物作为模式生物、生物技术工具以及哺乳动物和生态系统代谢的贡献者的重要性，长期以来一直对测量其代谢物水平感兴趣。目前的代谢组学方法，包括基于质谱的细胞提取物的测量，使大多数中心代谢物的常规定量。然而，单独的代谢组学不足以理解细胞代谢活动：通量测量和蛋白质组学，遗传学和生化方法都需要代谢组学。在这里，我们强调的例子，这些综合方法有助于发现代谢途径，监管的相互作用，和稳态机制。我们还指出了有关不稳定和低丰度化合物，亚细胞区室化和不同数据类型的定量合并的持久挑战。
Due to the importance of microbes as model organisms, biotechnology tools, and contributors to mammalian and ecosystem metabolism, there has been longstanding interest in measuring their metabolite levels. Current metabolomic methods, involving mass spectrometry-based measurement of cell extracts, enable routine quantitation of most central metabolites. Metabolomics alone, however, is inadequate to understand cellular metabolic activity: Flux measurement and proteomic, genetic, and biochemical approaches with a metabolomics bent are all needed. Here we highlight examples where these integrated methods have contributed to discovery of metabolic pathways, regulatory interactions, and homeostasis mechanisms. We also indicate enduring challenges concerning unstable and low abundance compounds, subcellular compartmentalization, and quantitative amalgamation of different data types.
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影响因子：
56.9
作者：
Ishii, Nobuyoshi;Nakahigashi, Kenji;Tomita, Masaru
通讯作者：
Tomita, Masaru
DOI：
10.1073/pnas.142089199
发表时间：
2002-07-23
影响因子：
11.1
作者：
Fehr, M;Frommer, WB;Lalonde, S
通讯作者：
Lalonde, S
影响因子：
7.4
作者：
Buescher, Joerg Martin;Czernik, Dominika;Zamboni, Nicola
通讯作者：
Zamboni, Nicola
影响因子：
5.6
作者：
Ikeda, TP;Shauger, AE;Kustu, S
通讯作者：
Kustu, S
影响因子：
46.9
作者：
Allen, J;Davey, HM;Kell, DB
通讯作者：
Kell, DB