Comparison of Glaucoma-Relevant Transcriptomic Datasets Identifies Novel Drug Targets for Retinal Ganglion Cell Neuroprotection.
Comparison of Glaucoma-Relevant Transcriptomic Datasets Identifies Novel Drug Targets for Retinal Ganglion Cell Neuroprotection.
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青光眼相关转录数据集的比较确定了视网膜神经节细胞神经保护的新药物靶点。
DOI：
10.3390/jcm10173938
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发表时间：
2021-08-31
影响因子：
3.9
通讯作者：
Williams PA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Enz TJ;Tribble JR;Williams PA
青光眼是致盲的主要原因，其特征在于视网膜神经节细胞的进行性功能障碍和不可逆死亡。我们的目的是确定共享的差异表达基因（DE基因）之间的不同青光眼相关模型的视网膜神经节细胞损伤使用现有的RNA测序数据，从而发现神经保护治疗的目标。DE基因从公开可用的转录组数据集的比较确定了12个共享DE基因。在比较毒理学基因组学数据库（CTD）中筛选靶向大部分已鉴定DE基因的化合物。在CTD中鉴定出40种化合物，它们与超过50%的共享DE基因相互作用。我们接下来通过使用小鼠视网膜外植体模型测试选择的化合物对视网膜神经节细胞存活的影响来验证这种方法。检测了叶酸、染料木素、SB-431542、丙戊酸和WY-14643（吡嗪酸）。叶酸、丙戊酸和WY-14643在该模型中显示出对视网膜神经节细胞死亡的显著保护。开放获取组学数据的日益普及为发现未来治疗研究的目标提供了资源。
Glaucoma is a leading cause of blindness and is characterized by the progressive dysfunction and irreversible death of retinal ganglion cells. We aimed to identify shared differentially expressed genes (DE genes) between different glaucoma relevant models of retinal ganglion cell injury using existing RNA-sequencing data, thereby discovering targets for neuroprotective therapies. A comparison of DE genes from publicly available transcriptomic datasets identified 12 shared DE genes. The Comparative Toxicogenomics Database (CTD) was screened for compounds targeting a significant proportion of the identified DE genes. Forty compounds were identified in the CTD that interact with >50% of these shared DE genes. We next validated this approach by testing select compounds for an effect on retinal ganglion cell survival using a mouse retinal explant model. Folic acid, genistein, SB-431542, valproic acid, and WY-14643 (pirinixic acid) were tested. Folic acid, valproic acid, and WY-14643 demonstrated significant protection against retinal ganglion cell death in this model. The increasing prevalence of open access-omics data presents a resource to discover targets for future therapeutic investigation.
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影响因子：
11.4
作者：
Tribble JR;Otmani A;Sun S;Ellis SA;Cimaglia G;Vohra R;Jöe M;Lardner E;Venkataraman AP;Domínguez-Vicent A;Kokkali E;Rho S;Jóhannesson G;Burgess RW;Fuerst PG;Brautaset R;Kolko M;Morgan JE;Crowston JG;Votruba M;Williams PA
通讯作者：
Williams PA
影响因子：
4.6
作者：
Cianciulli A;Salvatore R;Porro C;Trotta T;Panaro MA
通讯作者：
Panaro MA
影响因子：
7.4
作者：
Kumar, DM;Perez, E;Agarwal, N
通讯作者：
Agarwal, N
DOI：
10.1016/s0736-5748(01)00043-0
发表时间：
2001-10-01
影响因子：
1.8
作者：
Pereira, SPF;Medina, SV;Araujo, EG
通讯作者：
Araujo, EG
DOI：
10.1590/s0100-879x2001001200011
发表时间：
2001-12-01
影响因子：
2.3
作者：
Santos, RCC;Araujo, EG
通讯作者：
Araujo, EG