Genome-wide detection of selective signature in Chinese Holstein.
Genome-wide detection of selective signature in Chinese Holstein.
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中国荷斯坦牛选择性特征的全基因组检测
DOI：
10.1371/journal.pone.0060440
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Liu J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pan D;Zhang S;Jiang J;Jiang L;Zhang Q;Liu J
全基因组的选择标记可以帮助我们理解选择的机制和针对育种计划的因果变异。在本研究中，我们进行了扩展单倍型纯合性(Ehh)测试，以确定中国荷斯坦奶牛中含有此类信号的重要核心区，并基于常用的生物信息学分析验证了这些核心区的生物学意义。结果表明，在基因本体论数据库中，整个基因组共有125个重要区域，包含LEP、ABCG2、CSN1S1、CSN3和肿瘤坏死因子等重要功能基因。其中一些位于核心区的注释基因与我们以前在GWAS中发现的基因以及最近构建的牛候选基因数据库中的基因重叠，进一步表明这些正选择基因可能是中国荷斯坦奶牛产奶性状和其他重要性状的基础基因。此外，在对第二水平GO术语和途径的富集化分析中，我们观察到一些在这些已识别区域中代表的重要术语与整个牛基因组相比。这表明GO术语所反映的与产奶性状相关的一些功能基因可能聚集在核心区，这为Ehh试验确定的核心区的开发提供了有希望的证据。本研究结果可为中国荷斯坦牛进一步的遗传育种研究提供正选择功能候选基因。
Selective signatures in whole genome can help us understand the mechanisms of selection and target causal variants for breeding program. In present study, we performed Extended Haplotype Homozygosity (EHH) tests to identify significant core regions harboring such signals in Chinese Holstein, and then verified the biological significance of these identified regions based on commonly-used bioinformatics analyses. Results showed a total of 125 significant regions in entire genome containing some of important functional genes such as LEP, ABCG2, CSN1S1, CSN3 and TNF based on the Gene Ontology database. Some of these annotated genes involved in the core regions overlapped with those identified in our previous GWAS as well as those involved in a recently constructed candidate gene database for cattle, further indicating these genes under positive selection maybe underlie milk production traits and other important traits in Chinese Holstein. Furthermore, in the enrichment analyses for the second level GO terms and pathways, we observed some significant terms over represented in these identified regions as compared to the entire bovine genome. This indicates that some functional genes associated with milk production traits, as reflected by GO terms, could be clustered in core regions, which provided promising evidence for the exploitability of the core regions identified by EHH tests. Findings in our study could help detect functional candidate genes under positive selection for further genetic and breeding research in Chinese Holstein.
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DOI：
10.1073/pnas.0401720101
发表时间：
2004-07-20
影响因子：
11.1
作者：
Innan, H;Kim, Y
通讯作者：
Kim, Y
DOI：
10.1073/pnas.172203599
发表时间：
2002-08-20
影响因子：
11.1
作者：
Tian, DC;Araki, H;Kreitman, M
通讯作者：
Kreitman, M
在人类基因组中近期阳性选择的地图。
影响因子：
9.8
作者：
Voight BF;Kudaravalli S;Wen X;Pritchard JK
通讯作者：
Pritchard JK
影响因子：
3.7
作者：
Flori L;Fritz S;Jaffrézic F;Boussaha M;Gut I;Heath S;Foulley JL;Gautier M
通讯作者：
Gautier M
影响因子：
56.9
作者：
Tishkoff, SA;Varkonyi, R;Clark, AG
通讯作者：
Clark, AG