SRTsim: spatial pattern preserving simulations for spatially resolved transcriptomics.
SRTsim: spatial pattern preserving simulations for spatially resolved transcriptomics.
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SRTsim：空间解析转录组学的空间模式保留模拟。
DOI：
10.1186/s13059-023-02879-z
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发表时间：
2023-03-03
期刊：
影响因子：
12.3
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中科院分区：
文献类型：
--
作者：
空间分辨转录组学(SRT)特定的计算方法通常是使用模拟数据在计算机中开发、测试、验证和评估的。不幸的是，现有的模拟SRT数据往往记录不佳、难以重现或不切实际。单细胞模拟器不能直接用于SRT模拟，因为它们不能包含空间信息。我们提出了SRTsim，一个特定于SRT的模拟器，用于可伸缩、可重现和逼真的SRT模拟。SRTsim既保留了SRT数据的各种表达特征，又保留了空间模式。我们说明了SRTsim在空间聚类、空间表达模式检测和细胞-细胞通信识别的基准方法中的优势。网上版载有补充材料，可在10.1186/s13059-023-02879-z查阅。
Spatially resolved transcriptomics (SRT)-specific computational methods are often developed, tested, validated, and evaluated in silico using simulated data. Unfortunately, existing simulated SRT data are often poorly documented, hard to reproduce, or unrealistic. Single-cell simulators are not directly applicable for SRT simulation as they cannot incorporate spatial information. We present SRTsim, an SRT-specific simulator for scalable, reproducible, and realistic SRT simulations. SRTsim not only maintains various expression characteristics of SRT data but also preserves spatial patterns. We illustrate the benefits of SRTsim in benchmarking methods for spatial clustering, spatial expression pattern detection, and cell-cell communication identification. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-023-02879-z.
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影响因子：
48
作者：
Biancalani T;Scalia G;Buffoni L;Avasthi R;Lu Z;Sanger A;Tokcan N;Vanderburg CR;Segerstolpe Å;Zhang M;Avraham-Davidi I;Vickovic S;Nitzan M;Ma S;Subramanian A;Lipinski M;Buenrostro J;Brown NB;Fanelli D;Zhuang X;Macosko EZ;Regev A
通讯作者：
Regev A
影响因子：
5.9
作者：
Andersson A;Bergenstråhle J;Asp M;Bergenstråhle L;Jurek A;Fernández Navarro J;Lundeberg J
通讯作者：
Lundeberg J
影响因子：
46.9
作者：
He, Shanshan;Bhatt, Ruchir;Beechem, Joseph M.
通讯作者：
Beechem, Joseph M.
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64.5
作者：
Asp, Michaela;Giacomello, Stefania;Lundeberg, Joakim
通讯作者：
Lundeberg, Joakim
影响因子：
12.3
作者：
Abdelaal, Tamim;Michielsen, Lieke;Mahfouz, Ahmed
通讯作者：
Mahfouz, Ahmed