An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interrogation of frozen tissues.
An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interrogation of frozen tissues.
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DOI：
10.1038/nmeth.4396
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发表时间：
2017-10
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Chang HY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Corces MR;Trevino AE;Hamilton EG;Greenside PG;Sinnott-Armstrong NA;Vesuna S;Satpathy AT;Rubin AJ;Montine KS;Wu B;Kathiria A;Cho SW;Mumbach MR;Carter AC;Kasowski M;Orloff LA;Risca VI;Kundaje A;Khavari PA;Montine TJ;Greenleaf WJ;Chang HY
我们提出了OMNI-ATAC，这是一种改进的ATAC-SEQ协议，用于染色质可访问性分析，可跨多个应用程序工作，大大改善了信号与背景比和信息内容。OMNI-ATAC方案从档案冰冻组织样本和50-μm切片中生成染色质可及性轮廓，揭示与疾病相关的dna元素在不同的人脑结构中的活动。OMNI-ATAC协议允许在组织上下文和翻译研究中询问个人调节体。
We present Omni-ATAC, an improved ATAC-seq protocol for chromatin accessibility profiling that works across multiple applications with substantial improvement of signal-to-background ratio and information content. The Omni-ATAC protocol generates chromatin accessibility profiles from archival frozen tissue samples and 50-μm sections, revealing the activities of disease-associated DNA elements in distinct human brain structures. The Omni-ATAC protocol enables the interrogation of personal regulomes in tissue context and translational studies.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
12.3
作者：
Bao X;Rubin AJ;Qu K;Zhang J;Giresi PG;Chang HY;Khavari PA
通讯作者：
Khavari PA
影响因子：
5.8
作者：
Leslie, Richard;O'Donnell, Christopher J.;Johnson, Andrew D.
通讯作者：
Johnson, Andrew D.
DOI：
10.1126/science.1222794
发表时间：
2012-09-07
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Maurano MT;Humbert R;Rynes E;Thurman RE;Haugen E;Wang H;Reynolds AP;Sandstrom R;Qu H;Brody J;Shafer A;Neri F;Lee K;Kutyavin T;Stehling-Sun S;Johnson AK;Canfield TK;Giste E;Diegel M;Bates D;Hansen RS;Neph S;Sabo PJ;Heimfeld S;Raubitschek A;Ziegler S;Cotsapas C;Sotoodehnia N;Glass I;Sunyaev SR;Kaul R;Stamatoyannopoulos JA
通讯作者：
Stamatoyannopoulos JA
影响因子：
30.8
作者：
Corces, M. Ryan;Buenrostro, Jason D.;Wu, Beijing;Greenside, Peyton G.;Chan, Steven M.;Koenig, Julie L.;Snyder, Michael P.;Pritchard, Jonathan K.;Kundaje, Anshul;Gkeenleaf, William J.;Majeti, Ravindra;Chang, Howard Y.
通讯作者：
Chang, Howard Y.