Single-molecule long-read sequencing analysis improves genome annotation and sheds new light on the transcripts and splice isoforms of Zoysia japonica.
Single-molecule long-read sequencing analysis improves genome annotation and sheds new light on the transcripts and splice isoforms of Zoysia japonica.
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单分子长读长测序分析改善了基因组注释，并为结缕草的转录本和剪接亚型提供了新的线索
DOI：
10.1186/s12870-022-03640-7
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发表时间：
2022-05-26
影响因子：
5.3
通讯作者：
Teng, Ke
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guan, Jin;Yin, Shuxia;Yue, Yuesen;Liu, Lingyun;Guo, Yidi;Zhang, Hui;Fan, Xifeng;Teng, Ke
关键词：
结缕草是一种重要的暖季型草坪草。尽管基因组序列草图和大量的下一代测序数据已经公布，但目前的基因组注释和完整的mRNA结构仍然不完整。因此，分析Z.日本，我们在这项研究中使用PacBio单分子长读段测序方法。首先，我们从16，005个基因位点产生了37，056个高置信度的非冗余转录本。接下来，鉴定了32，948个新转录本、913个新基因位点、8035个转录因子、89个长非编码RNA和254个融合转录本。此外，还检测到15，675个可变剪接事件和5325个可变多聚腺苷酸化位点。此外，利用生物信息学分析，基于修订的参考转录组，探索衰老的潜在转录机制。本研究提供了一个Z.日本首次使用PacBio单分子长读测序。这些结果有助于我们对转录组的了解，并提高了对Z参考基因组的了解。日本的。这也将促进使用Z的基因工程项目。日本的。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s12870-022-03640-7获得。
Zoysia japonica is an important warm-season turfgrass used worldwide. Although the draft genome sequence and a vast amount of next-generation sequencing data have been published, the current genome annotation and complete mRNA structure remain incomplete. Therefore, to analyze the full-length transcriptome of Z. japonica, we used the PacBio single-molecule long-read sequencing method in this study. First, we generated 37,056 high-confidence non-redundant transcripts from 16,005 gene loci. Next, 32,948 novel transcripts, 913 novel gene loci, 8035 transcription factors, 89 long non-coding RNAs, and 254 fusion transcripts were identified. Furthermore, 15,675 alternative splicing events and 5325 alternative polyadenylation sites were detected. In addition, using bioinformatics analysis, the underlying transcriptional mechanism of senescence was explored based on the revised reference transcriptome. This study provides a full-length reference transcriptome of Z. japonica using PacBio single-molecule long-read sequencing for the first time. These results contribute to our knowledge of the transcriptome and improve the knowledge of the reference genome of Z. japonica. This will also facilitate genetic engineering projects using Z. japonica. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12870-022-03640-7.
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