Pebble and rock band: heuristic resolution of repeats and scaffolding in the velvet short-read de novo assembler.
Pebble and rock band: heuristic resolution of repeats and scaffolding in the velvet short-read de novo assembler.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0008407
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发表时间：
2009-12-22
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Birney E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zerbino DR;McEwen GK;Margulies EH;Birney E
尽管微读段测序技术的读段长度较短，但其已显示出其对于从头测序的有用性。然而，特别是在真核基因组中，复杂的重复模式是大组装的障碍。我们提出了一种新的启发式算法，卵石，它使用双端读取信息来解决重复和支架重叠群产生大规模的组件。在模拟中，我们可以在细菌中实现超过1 Mbp的加权中值支架长度（N50），在更复杂的生物体中实现超过100 kbp的加权中值支架长度（N50）。使用真实的数据集，我们获得了一个96 kbp的N50在假单胞菌和一个独特的147 kbp的支架的雪貂BAC克隆。我们还提出了一种高效的算法，称为摇滚乐队的分辨率重复的情况下，混合长度的组件，其中不同的测序平台相结合，以获得一个具有成本效益的大会。这些算法将短的只读组装的效用扩展到大的复杂基因组中。它们已经在开源Velvet短读从头汇编器中实现并提供。
Despite the short length of their reads, micro-read sequencing technologies have shown their usefulness for de novo sequencing. However, especially in eukaryotic genomes, complex repeat patterns are an obstacle to large assemblies. We present a novel heuristic algorithm, Pebble, which uses paired-end read information to resolve repeats and scaffold contigs to produce large-scale assemblies. In simulations, we can achieve weighted median scaffold lengths (N50) of above 1 Mbp in Bacteria and above 100 kbp in more complex organisms. Using real datasets we obtained a 96 kbp N50 in Pseudomonas syringae and a unique 147 kbp scaffold of a ferret BAC clone. We also present an efficient algorithm called Rock Band for the resolution of repeats in the case of mixed length assemblies, where different sequencing platforms are combined to obtain a cost-effective assembly. These algorithms extend the utility of short read only assemblies into large complex genomes. They have been implemented and made available within the open-source Velvet short-read de novo assembler.
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