Automated generation of heuristics for biological sequence comparison.
Automated generation of heuristics for biological sequence comparison.
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DOI：
10.1186/1471-2105-6-31
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发表时间：
2005-02-15
影响因子：
3
通讯作者：
Birney E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Slater GS;Birney E
序列比对的穷举法准确但速度慢，而启发式方法运行速度快，但其复杂性使其更难实现。我们引入有界稀疏动态规划（BSDP）来快速近似穷举比对。这是在一个框架内使用的，在该框架中，比对算法是根据其基础模型来描述的，以允许自动开发高效的启发式实现，这些实现可应用于一系列通用的序列比较问题。
这种方法的速度和准确性与现有方法相比具有优势。给出了其在基因组注释背景下的使用示例。
该系统允许快速实现近似许多复杂比对模型的启发式方法，并已被纳入免费可用的序列比对程序Exonerate中。
Exhaustive methods of sequence alignment are accurate but slow, whereas heuristic approaches run quickly, but their complexity makes them more difficult to implement. We introduce bounded sparse dynamic programming (BSDP) to allow rapid approximation to exhaustive alignment. This is used within a framework whereby the alignment algorithms are described in terms of their underlying model, to allow automated development of efficient heuristic implementations which may be applied to a general set of sequence comparison problems. The speed and accuracy of this approach compares favourably with existing methods. Examples of its use in the context of genome annotation are given. This system allows rapid implementation of heuristics approximating to many complex alignment models, and has been incorporated into the freely available sequence alignment program, exonerate.
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