Candidates for Balancing Selection in Leishmania donovani Complex Parasites.
Candidates for Balancing Selection in Leishmania donovani Complex Parasites.
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DOI：
10.1093/gbe/evab265
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发表时间：
2021-12-01
影响因子：
3.3
通讯作者：
Jeffares DC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Grace CA;Forrester S;Silva VC;Carvalho KSS;Kilford H;Chew YP;James S;Costa DL;Mottram JC;Costa CCHN;Jeffares DC
多诺瓦利什曼原虫是内脏利什曼病的病原体，每年造成2 - 4万人死亡。在这里，我们对这个物种复合体的平衡选择进行筛选。我们利用384个公开的L. donovani和L. infumtum基因组，并对来自巴西的93个L. infumtum分离株进行测序，以描述该物种复合体的全球多样性。我们确定了五个遗传上不同的群体，这些群体充分代表了基因组数据，以寻找选择的特征。我们发现平衡选择的信号通常不会在种群之间共享，这与短暂的适应事件相一致，而不是长期的平衡选择。然后，我们应用多个多样性指标来识别具有平衡选择稳健签名的候选基因，确定了一组24个具有稳健签名的基因。这些包括zeta毒素、结节样蛋白和鞭毛附着蛋白。本研究突出了多诺瓦螺旋体复合寄生虫之间的遗传分化程度，为进一步研究提供了基因基础。
The Leishmania donovani species complex is the causative agent of visceral leishmaniasis, which cause 20–40,000 fatalities a year. Here, we conduct a screen for balancing selection in this species complex. We used 384 publicly available L. donovani and L. infantum genomes, and sequence 93 isolates of L. infantum from Brazil to describe the global diversity of this species complex. We identify five genetically distinct populations that are sufficiently represented by genomic data to search for signatures of selection. We find that signals of balancing selection are generally not shared between populations, consistent with transient adaptive events, rather than long-term balancing selection. We then apply multiple diversity metrics to identify candidate genes with robust signatures of balancing selection, identifying a curated set of 24 genes with robust signatures. These include zeta toxin, nodulin-like, and flagellum attachment proteins. This study highlights the extent of genetic divergence between L. donovani complex parasites and provides genes for further study.
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