PredictProtein--an open resource for online prediction of protein structural and functional features.
PredictProtein--an open resource for online prediction of protein structural and functional features.
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DOI：
10.1093/nar/gku366
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发表时间：
2014-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Rost B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yachdav G;Kloppmann E;Kajan L;Hecht M;Goldberg T;Hamp T;Hönigschmid P;Schafferhans A;Roos M;Bernhofer M;Richter L;Ashkenazy H;Punta M;Schlessinger A;Bromberg Y;Schneider R;Vriend G;Sander C;Ben-Tal N;Rost B
PredictProtein是一个用于序列分析的元服务，自1992年以来一直用于预测蛋白质的结构和功能特征。查询蛋白质序列，它返回：多个序列比对，预测结构方面（二级结构，溶剂可及性，跨膜螺旋（TMSEG）和链，卷曲线圈区域，二硫键和无序区域）和功能。该服务包括功能区域识别（ConSurf）、基于同源性的基因本体术语推断（metastent）、综合亚细胞定位预测（LocTree3）、蛋白质-蛋白质结合位点（ISIS2）、蛋白质-多核苷酸结合位点（SomeNA）和预测点突变（非同义snp）对蛋白质功能（SNAP2）的影响。我们的目标一直是开发一个优化的系统，以满足在生物信息学方面经验不丰富的实验人员的需求。为此，PredictProtein的结果以文本和一系列直观、互动和视觉上吸引人的图形的形式呈现。web服务器和源代码可在http://ppopen.rostlab.org上获得。
PredictProtein is a meta-service for sequence analysis that has been predicting structural and functional features of proteins since 1992. Queried with a protein sequence it returns: multiple sequence alignments, predicted aspects of structure (secondary structure, solvent accessibility, transmembrane helices (TMSEG) and strands, coiled-coil regions, disulfide bonds and disordered regions) and function. The service incorporates analysis methods for the identification of functional regions (ConSurf), homology-based inference of Gene Ontology terms (metastudent), comprehensive subcellular localization prediction (LocTree3), protein–protein binding sites (ISIS2), protein–polynucleotide binding sites (SomeNA) and predictions of the effect of point mutations (non-synonymous SNPs) on protein function (SNAP2). Our goal has always been to develop a system optimized to meet the demands of experimentalists not highly experienced in bioinformatics. To this end, the PredictProtein results are presented as both text and a series of intuitive, interactive and visually appealing figures. The web server and sources are available at http://ppopen.rostlab.org.
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DOI：
10.1096/fj.08-127530
发表时间：
2009-09
期刊：
FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
影响因子：
--
作者：
Bromberg Y;Overton J;Vaisse C;Leibel RL;Rost B
通讯作者：
Rost B
影响因子：
14.9
作者：
Bromberg Y;Rost B
通讯作者：
Rost B
影响因子：
14.9
作者：
Ceroni, Alessio;Passerini, Andrea;Vullo, Alessandro;Frasconi, Paolo
通讯作者：
Frasconi, Paolo
影响因子：
5.8
作者：
Dosztányi, Z;Csizmok, V;Simon, I
通讯作者：
Simon, I
影响因子：
5.6
作者：
Jones, DT
通讯作者：
Jones, DT