A comprehensive genome-scale reconstruction of Escherichia coli metabolism--2011.
A comprehensive genome-scale reconstruction of Escherichia coli metabolism--2011.
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DOI：
10.1038/msb.2011.65
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发表时间：
2011-10-11
影响因子：
9.9
通讯作者：
Palsson, Bernhard O.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Orth, Jeffrey D.;Conrad, Tom M.;Na, Jessica;Lerman, Joshua A.;Nam, Hojung;Feist, Adam M.;Palsson, Bernhard O.
关键词：
自2000年开始使用的大肠杆菌基因组规模代谢网络重建，根据文献中的最新发现和新的实验进行了彻底的更新。改进后的重构涉及1366个基因，可用于基于约束的代谢表型建模。大肠杆菌K-12 MG1655代谢网络的首次基因组规模重建是在2000年组装的。自那以后，它根据新的和精心策划的基因组和生化知识进行了更新和定期发布。现在已经建立了一个更新，命名为iJO1366，它解释了1366个基因，2251个代谢反应，和1136个独特的代谢物。IJO1366部分更新了(1)使用了1075个基因敲除菌株的新的实验筛选，阐明了尚未发现替代途径和同工酶的情况，(2)与其前身和实验数据集进行比较，以确认它继续对不同底物和基因敲除菌株的生长做出准确的表型预测，以及(3)定位到所有可用的测序大肠杆菌菌株的基因组，包括病原体，导致在这些生物体中识别出数百个未注释的基因。像它的前身一样，iJO1366重建有望被广泛应用于研究大肠杆菌的系统生物学和代谢工程应用。
The genome-scale metabolic network reconstruction of Escherichia coli, in use since 2000, is thoroughly updated based on the recent findings in the literature and new experiments. The improved reconstruction accounts for 1366 genes and can be used for constraint-based modeling of metabolic phenotypes. The initial genome-scale reconstruction of the metabolic network of Escherichia coli K-12 MG1655 was assembled in 2000. It has been updated and periodically released since then based on new and curated genomic and biochemical knowledge. An update has now been built, named iJO1366, which accounts for 1366 genes, 2251 metabolic reactions, and 1136 unique metabolites. iJO1366 was (1) updated in part using a new experimental screen of 1075 gene knockout strains, illuminating cases where alternative pathways and isozymes are yet to be discovered, (2) compared with its predecessor and to experimental data sets to confirm that it continues to make accurate phenotypic predictions of growth on different substrates and for gene knockout strains, and (3) mapped to the genomes of all available sequenced E. coli strains, including pathogens, leading to the identification of hundreds of unannotated genes in these organisms. Like its predecessors, the iJO1366 reconstruction is expected to be widely deployed for studying the systems biology of E. coli and for metabolic engineering applications.
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