Gene finding in novel genomes.
Gene finding in novel genomes.
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DOI：
10.1186/1471-2105-5-59
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发表时间：
2004-05-14
影响因子：
3
通讯作者：
Korf I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Korf I
计算基因预测仍然是一个重要的问题，特别是对于实验数据很少的基因组。我介绍了SNAP基因查找器，它被设计成易于适应各种基因组。在没有合适的基因查找器的新基因组中，我证明使用外源基因查找器可以产生高度不准确的结果，并且最兼容的参数可能不是来自最近的系统发育邻居。我发现外来基因发现器更有效地用于自举参数估计，并且所得参数可以非常准确。由于基因预测对物种特定参数很敏感，每个基因组都需要一个专门的基因发现者。
Computational gene prediction continues to be an important problem, especially for genomes with little experimental data. I introduce the SNAP gene finder which has been designed to be easily adaptable to a variety of genomes. In novel genomes without an appropriate gene finder, I demonstrate that employing a foreign gene finder can produce highly inaccurate results, and that the most compatible parameters may not come from the nearest phylogenetic neighbor. I find that foreign gene finders are more usefully employed to bootstrap parameter estimation and that the resulting parameters can be highly accurate. Since gene prediction is sensitive to species-specific parameters, every genome needs a dedicated gene finder.
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影响因子：
7
作者：
Reese, MG;Hartzell, G;Lewis, SE
通讯作者：
Lewis, SE
影响因子：
5.8
作者：
Stanke, Mario;Waack, Stephan
通讯作者：
Waack, Stephan
DOI：
10.1073/pnas.201407298
发表时间：
2001-09-25
影响因子：
11.1
作者：
Lim, LP;Burge, CB
通讯作者：
Burge, CB
影响因子：
14.9
作者：
Webb, CT;Shabalina, SA;Kondrashov, AS
通讯作者：
Kondrashov, AS
影响因子：
14.9
作者：
Sakata, K;Nagamura, Y;Higo, K
通讯作者：
Higo, K