Oct2 transcription factors in fish--a comparative genomic analysis.
Oct2 transcription factors in fish--a comparative genomic analysis.
复制标题
鱼类中的 Oct2 转录因子——比较基因组分析。
DOI：
10.1016/j.fsi.2005.01.011
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发表时间：
2006
影响因子：
4.7
通讯作者：
Hikima,Jun-ichi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lennard,MaraL;Wilson,MelanieR;Miller,NormanW;Clem,LWilliam;Warr,GregoryW;Hikima,Jun-ichi
Oct2转录因子在斑点叉尾（Ictalurus punctatus）IgH基因座的驱动表达中起重要作用。鲶鱼Oct2α和Oct2β两种异构体已在表达和功能水平上得到表征，但对鲶鱼Oct2基因的结构知之甚少。为了深入了解Oct2基因在硬骨鱼中的结构和表达的多样性，在河豚（Fugu rubripes）和斑马鱼（Danio rerio）中进行Oct2的比较基因组分析。斑马鱼和河豚Oct2的直向同源物被鉴定，并且与鲶鱼Oct2共享有限数量（两个在斑马鱼中，三个在河豚中）的由RNA加工的替代途径产生的同种型的表达。鲶鱼Oct2的选择性剪接变体显示出与河豚和斑马鱼不同的外显子使用模式。该分析还在斑马鱼和河豚中发现了Oct2的新同源物。这种同源物被称为Oct2x，与Oct1和Oct2都有相似之处。Oct2x的亲缘关系的系统发育分析给出了一个意想不到的结果，Oct2x占据了脊椎动物和果蝇的Oct基因家族的基础位置。
The Oct2 transcription factor is important in driving expression of the IgH locus of the channel catfish, Ictalurus punctatus. Two isoforms, catfish Oct2α and Oct2β, have been characterized at the level of expression and function, but little is known of the structure of the Oct2 gene in catfish. To gain insight into the diversity of Oct2 gene structure and expression in the teleost fish, a comparative genomic analysis of Oct2 was undertaken in the pufferfish (Fugu rubripes) and the zebrafish (Danio rerio). The orthologues of zebrafish and Fugu Oct2 were identified, and share with catfish Oct2 the expression of a limited number (two in zebrafish, three in Fugu) of isotypes produced by alternative pathways of RNA processing. The alternatively spliced variants of catfish Oct2 showed a different pattern of exon use from those of Fugu and zebrafish. The analysis also identified a novel homologue of Oct2 in both zebrafish and Fugu. This homologue, termed Oct2x, shares similarities to both Oct1 and Oct2. A phylogenetic analysis of the relationships of Oct2x gave an unexpected result, with Oct2x occupying a position basal to the Oct gene families of both vertebrates and Drosophila.
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