Characterizing the complexity of Australian marsupial insulin-like growth factor 1 genes.
Characterizing the complexity of Australian marsupial insulin-like growth factor 1 genes.
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描述澳大利亚有袋动物胰岛素样生长因子 1 基因的复杂性。
DOI：
10.1016/j.mce.2019.03.004
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发表时间：
2019
影响因子：
4.1
通讯作者：
Rotwein,Peter
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rotwein,Peter
胰岛素样生长因子1（IGF 1）是机体生长和组织修复所必需的，IGF 1基因的调控受多种因素的影响，其中生长激素起主要作用。在大多数哺乳动物中，6-exonIGF 1/Igf 1基因通过其启动子的独立活性加上可变RNA剪接和差异多聚腺苷酸化产生多种转录物。在这里，通过分析公共基因组和RNA测序库，我已经确定了三个澳大利亚有袋动物IGF 1基因。考拉、袋獾和小袋鼠IGF 1比其他哺乳动物更复杂，因为它们含有多达11个外显子，编码多种mRNA和预测的蛋白质前体，包括潜在的新亚型。此外，在这些物种中只检测到在其他IGF 1/Igf 1基因座中发现的多种生长激素刺激的转录增强子中的两种。这些观察结果定义了澳大利亚有袋类动物IGF 1基因，并证明了基因组和RNA测序资源的全面询问是一种有效的策略，用于表征基因和基因表达，否则实验棘手的生物体。
Insulin-like growth factor 1 (IGF1) actions are essential for somatic growth and tissue repair.IGF1gene regulation is controlled by many inputs, with growth hormone playing a major role. In most mammals, the 6-exonIGF1/Igf1gene produces multiple transcripts via independent activity of its promoters plus alternative RNA splicing and differential polyadenylation. Here, by analyzing public genomic and RNA-sequencing repositories, I have characterized three Australian marsupialIGF1genes. Koala, Tasmanian devil, and wallabyIGF1are more complicated than other mammals, as they contain up to 11 exons, and encode multiple mRNAs and predicted protein precursors, including potentially novel isoforms. Moreover, just two of multiple growth hormone-stimulated transcriptional enhancers found in otherIGF1/Igf1loci are detected in these species. These observations define Australian marsupialIGF1genes and demonstrate that comprehensive interrogation of genomic and RNA-sequencing resources is an effective strategy for characterizing genes and gene expression in otherwise experimentally intractable organisms.
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