Multi-ethnic cytochrome-P450 copy number profiling: novel pharmacogenetic alleles and mechanism of copy number variation formation.
Multi-ethnic cytochrome-P450 copy number profiling: novel pharmacogenetic alleles and mechanism of copy number variation formation.
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DOI：
10.1038/tpj.2012.48
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发表时间：
2013-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Scott SA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Martis S;Mei H;Vijzelaar R;Edelmann L;Desnick RJ;Scott SA
为了确定CYP 450拷贝数变异（CNV）在CYP 2D 6以外的作用，通过MLPA和qPCR在542名非洲裔美国人、亚洲人、高加索人、西班牙人和德系犹太人中询问了11个CYP 450基因。在这些人群中，CYP 2A 6、CYP 2B 6和CYP 2 E1合并的缺失/重复等位基因频率范围为2%至10%。基于高分辨率微阵列的比较基因组杂交（aCGH）将CYP 2A 6、CYP 2B 6和CYP 2 E1断点定位于直接定向的低拷贝重复序列。测序将CYP 2B 6断裂点定位于与CYP 2B 7 P1具有高度同源性的529 bp内含子4区域，导致CYP 2B 6 *29部分缺失等位基因和互补的新型CYP 2B 6/2B 7 P1重复融合等位基因（CYP 2B 6 *30）。总之，这些数据确定了新的CYP 450 CNV等位基因（CYP 2B 6 *30和CYP 2 E1 * 1Cx 2），并表明常见的CYP 450 CNV形成可能是由非等位基因同源重组介导的，导致全基因和基因融合拷贝数失衡。当询问这些基因用于药物遗传学药物选择和给药时，应考虑这些CNV的检测。
To determine the role of CYP450 copy number variation (CNV) beyond CYP2D6, 11 CYP450 genes were interrogated by MLPA and qPCR in 542 African-American, Asian, Caucasian, Hispanic, and Ashkenazi Jewish individuals. The CYP2A6, CYP2B6 and CYP2E1 combined deletion/duplication allele frequencies ranged from 2% to 10% in these populations. High-resolution microarray-based comparative genomic hybridization (aCGH) localized CYP2A6, CYP2B6 and CYP2E1 breakpoints to directly-oriented low-copy repeats. Sequencing localized the CYP2B6 breakpoint to a 529 bp intron 4 region with high homology to CYP2B7P1, resulting in the CYP2B6*29 partial deletion allele and the reciprocal, and novel, CYP2B6/2B7P1 duplicated fusion allele (CYP2B6*30). Together, these data identified novel CYP450 CNV alleles (CYP2B6*30 and CYP2E1*1Cx2) and indicate that common CYP450 CNV formation is likely mediated by non-allelic homologous recombination resulting in both full gene and gene-fusion copy number imbalances. Detection of these CNVs should be considered when interrogating these genes for pharmacogenetic drug selection and dosing.
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影响因子：
13.6
作者：
He Y;Hoskins JM;McLeod HL
通讯作者：
McLeod HL
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作者：
Iafrate, AJ;Feuk, L;Lee, C
通讯作者：
Lee, C
影响因子：
11.8
作者：
Gatanaga, Hiroyuki;Hayashida, Tsunefusa;Oka, Shinichi
通讯作者：
Oka, Shinichi
DOI：
10.1097/00008571-200310000-00005
发表时间：
2003-10-01
期刊：
PHARMACOGENETICS
影响因子：
--
作者：
Kirchheiner, J;Klein, C;Brockmöller, J
通讯作者：
Brockmöller, J
DOI：
10.1006/bbrc.1999.1362
发表时间：
1999-09-24
影响因子：
3.1
作者：
Hu, Y;Hakkola, J;Ingelman-Sundberg, M
通讯作者：
Ingelman-Sundberg, M