Whole-exome sequencing identifies somatic mutations and intratumor heterogeneity in inflammatory breast cancer.
Whole-exome sequencing identifies somatic mutations and intratumor heterogeneity in inflammatory breast cancer.
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DOI：
10.1038/s41523-021-00278-w
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发表时间：
2021-06-01
影响因子：
5.9
通讯作者：
Yang H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo R;Chong W;Wei Q;Zhang Z;Wang C;Ye Z;Abu-Khalaf MM;Silver DP;Stapp RT;Jiang W;Myers RE;Li B;Cristofanilli M;Yang H
炎症性乳腺癌（IBC）是乳腺癌中最具侵袭性的形式。虽然它是一种罕见的亚型，但IBC约占乳腺癌死亡人数的10%。为了更好地了解IBC的基因组景观和肿瘤内异质性（ITH），我们对来自6名受体阳性IBC患者的16份组织样本（12份肿瘤样本和4份正常样本）进行了全外显子组测序，分析了体细胞突变和拷贝数畸变，并推断了亚克隆结构以证明ITH。我们的结果显示，KMT 2C是最常见的突变基因（42%，5/12个样本），其次是HECTD 1，LAMA 3，FLG 2，UGT 2B 4，STK 33，BRCA 2，ACP 4，PIK 3CA和DNAH 8（所有9个基因的频率为33%，4/12个样本）。我们的数据表明，PTEN和FBXW 7突变可能被认为是IBC的驱动基因突变。我们确定了IBC患者之间的各种亚克隆结构和不同水平的ITH，并且基因EIF 4G 3、IL 12 RB 2和PDE 4 B中的突变可能在IBC中潜在地产生ITH。
Inflammatory breast cancer (IBC) is the most aggressive form of breast cancer. Although it is a rare subtype, IBC is responsible for roughly 10% of breast cancer deaths. In order to obtain a better understanding of the genomic landscape and intratumor heterogeneity (ITH) in IBC, we conducted whole-exome sequencing of 16 tissue samples (12 tumor and four normal samples) from six hormone-receptor-positive IBC patients, analyzed somatic mutations and copy number aberrations, and inferred subclonal structures to demonstrate ITH. Our results showed that KMT2C was the most frequently mutated gene (42%, 5/12 samples), followed by HECTD1, LAMA3, FLG2, UGT2B4, STK33, BRCA2, ACP4, PIK3CA, and DNAH8 (all nine genes tied at 33% frequency, 4/12 samples). Our data indicated that PTEN and FBXW7 mutations may be considered driver gene mutations for IBC. We identified various subclonal structures and different levels of ITH between IBC patients, and mutations in the genes EIF4G3, IL12RB2, and PDE4B may potentially generate ITH in IBC.
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影响因子：
7
作者：
Ha G;Roth A;Khattra J;Ho J;Yap D;Prentice LM;Melnyk N;McPherson A;Bashashati A;Laks E;Biele J;Ding J;Le A;Rosner J;Shumansky K;Marra MA;Gilks CB;Huntsman DG;McAlpine JN;Aparicio S;Shah SP
通讯作者：
Shah SP
影响因子：
45.3
作者：
Cobleigh, MA;Vogel, CL;Slamon, DJ
通讯作者：
Slamon, DJ
影响因子：
5.7
作者：
Ibusuki, Mutsuko;Yamamoto, Yutaka;Iwase, Hirotaka
通讯作者：
Iwase, Hirotaka
影响因子：
10.3
作者：
Hance, KW;Anderson, WF;Levine, PH
通讯作者：
Levine, PH
影响因子：
8
作者：
Gala K;Li Q;Sinha A;Razavi P;Dorso M;Sanchez-Vega F;Chung YR;Hendrickson R;Hsieh JJ;Berger M;Schultz N;Pastore A;Abdel-Wahab O;Chandarlapaty S
通讯作者：
Chandarlapaty S