MULTIMODAL DATA VISUALIZATION AND DENOISING WITH INTEGRATED DIFFUSION.
MULTIMODAL DATA VISUALIZATION AND DENOISING WITH INTEGRATED DIFFUSION.
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DOI：
10.1109/mlsp52302.2021.9596214
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发表时间：
2021-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Krishnaswamy S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kuchroo M;Godavarthi A;Tong A;Wolf G;Krishnaswamy S
我们提出了一种称为集成扩散的方法，将通过同一系统上的不同传感器收集的多模式数据组合在一起，创建一个集成的数据扩散算子。由于现实世界的数据同时受到局部和全局噪声的影响，我们引入了一些机制来优化计算扩散算子，该扩散算子通过全局和局部地维护每个通道的低频特征向量来反映数据中的组合信息。我们展示了这种集成运算符在去噪和可视化多模式玩具数据以及从血细胞产生的多组数据中的效用，测量基因表达和染色质的可及性。我们的方法更好地可视化了集成数据的几何形状，并捕获了已知的跨通道关联。更广泛地说，集成扩散广泛适用于由在不同领域收集的噪声传感器生成的多模式数据集。
We propose a method called integrated diffusion for combining multimodal data, gathered via different sensors on the same system, to create a integrated data diffusion operator. As real world data suffers from both local and global noise, we introduce mechanisms to optimally calculate a diffusion operator that reflects the combined information in data by maintaining low frequency eigenvectors of each modality both globally and locally. We show the utility of this integrated operator in denoising and visualizing multimodal toy data as well as multi-omic data generated from blood cells, measuring both gene expression and chromatin accessibility. Our approach better visualizes the geometry of the integrated data and captures known cross-modality associations. More generally, integrated diffusion is broadly applicable to multimodal datasets generated by noisy sensors collected in a variety of fields.
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影响因子：
64.5
作者：
van Dijk D;Sharma R;Nainys J;Yim K;Kathail P;Carr AJ;Burdziak C;Moon KR;Chaffer CL;Pattabiraman D;Bierie B;Mazutis L;Wolf G;Krishnaswamy S;Pe'er D
通讯作者：
Pe'er D
影响因子：
46.9
作者：
Moon, Kevin R.;van Dijk, David;Krishnaswamy, Smita
通讯作者：
Krishnaswamy, Smita
影响因子：
18.6
作者：
Gravina, Raffaele;Alinia, Parastoo;Fortino, Giancarlo
通讯作者：
Fortino, Giancarlo
DOI：
10.1126/science.aau0730
发表时间：
2018-09-28
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Cao J;Cusanovich DA;Ramani V;Aghamirzaie D;Pliner HA;Hill AJ;Daza RM;McFaline-Figueroa JL;Packer JS;Christiansen L;Steemers FJ;Adey AC;Trapnell C;Shendure J
通讯作者：
Shendure J
影响因子：
2.5
作者：
Coifman, Ronald R.;Lafon, Stephane
通讯作者：
Lafon, Stephane