ChimericSeq: An open-source, user-friendly interface for analyzing NGS data to identify and characterize viral-host chimeric sequences.
ChimericSeq: An open-source, user-friendly interface for analyzing NGS data to identify and characterize viral-host chimeric sequences.
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ChimericSeq：一个开源，用户友好的接口，用于分析NGS数据以识别和表征病毒宿主嵌合序列。
DOI：
10.1371/journal.pone.0182843
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Su YH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shieh FS;Jongeneel P;Steffen JD;Lin S;Jain S;Song W;Su YH
确定病毒整合部位对于了解与特定病毒感染相关的疾病的发病机制和进展具有重要意义。下一代测序(NGS)的出现使研究人员能够了解病毒整合对宿主的影响，如肿瘤发生。目前分析病毒-宿主交界处NGS数据的计算方法受到了广泛用户基础可获得性的限制。在这项研究中，我们开发了一个软件应用程序(名为ChimericSeq)，这是同类程序中第一个提供图形用户界面、与Windows和Mac操作系统兼容的程序，并针对有效识别和注释NGS数据中的病毒宿主嵌合体读取进行了优化。此外，ChimericSeq的流水线实现了自定义过滤，以去除人工产物，并通过定量分析报告检测读取，从而为发现的集成站点提供功能意义。通过Windows和Mac中的图形用户界面改进ChimericSeq的可访问性，有可能将NGS分析支持扩展到更广泛的科学界。
Identification of viral integration sites has been important in understanding the pathogenesis and progression of diseases associated with particular viral infections. The advent of next-generation sequencing (NGS) has enabled researchers to understand the impact that viral integration has on the host, such as tumorigenesis. Current computational methods to analyze NGS data of virus-host junction sites have been limited in terms of their accessibility to a broad user base. In this study, we developed a software application (named ChimericSeq), that is the first program of its kind to offer a graphical user interface, compatibility with both Windows and Mac operating systems, and optimized for effectively identifying and annotating virus-host chimeric reads within NGS data. In addition, ChimericSeq’s pipeline implements custom filtering to remove artifacts and detect reads with quantitative analytical reporting to provide functional significance to discovered integration sites. The improved accessibility of ChimericSeq through a GUI interface in both Windows and Mac has potential to expand NGS analytical support to a broader spectrum of the scientific community.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
3
作者：
Hatem A;Bozdağ D;Toland AE;Çatalyürek ÜV
通讯作者：
Çatalyürek ÜV
影响因子：
14.9
作者：
Rosenbloom KR;Armstrong J;Barber GP;Casper J;Clawson H;Diekhans M;Dreszer TR;Fujita PA;Guruvadoo L;Haeussler M;Harte RA;Heitner S;Hickey G;Hinrichs AS;Hubley R;Karolchik D;Learned K;Lee BT;Li CH;Miga KH;Nguyen N;Paten B;Raney BJ;Smit AF;Speir ML;Zweig AS;Haussler D;Kuhn RM;Kent WJ
通讯作者：
Kent WJ
影响因子：
30.8
作者：
Sung, Wing-Kin;Zheng, Hancheng;Luk, John M.
通讯作者：
Luk, John M.