sgRNA Scorer 2.0: A Species-Independent Model To Predict CRISPR/Cas9 Activity.
sgRNA Scorer 2.0: A Species-Independent Model To Predict CRISPR/Cas9 Activity.
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DOI：
10.1021/acssynbio.6b00343
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发表时间：
2017-05-19
影响因子：
4.7
通讯作者：
Church GM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chari R;Yeo NC;Chavez A;Church GM
由于sgRNA文库屏幕中产生了大量数据，因此有可能创建工具来预测化脓性链球菌衍生的CRISPR/Cas9系统中的单引导RNA(SgRNA)活性。然而，随着来自不同细菌的额外CRISPR系统的发现，这些系统在真核细胞中显示了强大的活性，为每个系统生成大型数据集以预测其活性的方法并不容易掌握。在这里，我们提出了一个新的指南RNA工具，可以预测跨多个CRISPR系统的sgRNA活性。除了预测化脓性链球菌和嗜热链球菌的Cas9的活性外，我们还通过实验证明了我们的算法可以预测金黄色葡萄球菌和嗜热链球菌的Cas9的活性。我们还提供了我们软件的新版本sgRNA Score er2.0，它将允许用户识别任何感兴趣的PAM序列的sgRNA位点。
It has been possible to create tools to predict single guide RNA (sgRNA) activity in the CRISPR/Cas9 system derived from S. pyogenes due to the large amount of data that has been generated in sgRNA library screens. However, with the discovery of additional CRISPR systems from different bacteria, which show potent activity in eukaryotic cells, the approach of generating large datasets for each of these systems to predict its activity is not tractable. Here, we present a new guide RNA tool that can predict sgRNA activity across multiple CRISPR systems. In addition to predicting activity for Cas9 from S. pyogenes and Streptococcus thermophilus CRISPR1, we experimentally demonstrate that our algorithm can predict activity for Cas9 from Staphylococcus aureus and S. thermophilus CRISPR3. We also have made available a new version of our software, sgRNA Scorer 2.0, which will allow users to identify sgRNA sites for any PAM sequence of interest.
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作者：
Park, Jeongbin;Bae, Sangsu;Kim, Jin-Soo
通讯作者：
Kim, Jin-Soo
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Concordet JP