YMAP: a pipeline for visualization of copy number variation and loss of heterozygosity in eukaryotic pathogens.
YMAP: a pipeline for visualization of copy number variation and loss of heterozygosity in eukaryotic pathogens.
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YMAP：可视化拷贝数变化和真核病原体中杂合性丧失的管道。
DOI：
10.1186/s13073-014-0100-8
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Berman J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Abbey DA;Funt J;Lurie-Weinberger MN;Thompson DA;Regev A;Myers CL;Berman J
设计针对严重真核病原体的有效抗菌疗法需要清楚地了解其高度可变的基因组。为了便于分析这些病原体中的拷贝数变异、单核苷酸多态性和杂合性缺失事件，我们开发了一种管道，用于分析来自微阵列、深度测序和限制性位点相关DNA序列实验的不同基因组规模数据集，用于临床和实验室菌株白色念珠菌（最流行的人类真菌病原体）。YMAP管道（http：//lovelace.cs.umn.edu/Ymap/）在一个直观的图形中自动显示全基因组信息，并且易于修改以分析具有小基因组的其他病原体。本文的在线版本（doi：10.1186/s13073-014-0100-8）包含补充材料，可供授权用户使用。
The design of effective antimicrobial therapies for serious eukaryotic pathogens requires a clear understanding of their highly variable genomes. To facilitate analysis of copy number variations, single nucleotide polymorphisms and loss of heterozygosity events in these pathogens, we developed a pipeline for analyzing diverse genome-scale datasets from microarray, deep sequencing, and restriction site associated DNA sequence experiments for clinical and laboratory strains of Candida albicans, the most prevalent human fungal pathogen. The YMAP pipeline (http://lovelace.cs.umn.edu/Ymap/) automatically illustrates genome-wide information in a single intuitive figure and is readily modified for the analysis of other pathogens with small genomes. The online version of this article (doi:10.1186/s13073-014-0100-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
14.9
作者：
Gostev M;Faulconbridge A;Brandizi M;Fernandez-Banet J;Sarkans U;Brazma A;Parkinson H
通讯作者：
Parkinson H
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
5.3
作者：
MCEACHERN, MJ;HICKS, JB
通讯作者：
HICKS, JB
DOI：
10.1534/g3.111.000885
发表时间：
2011-12
期刊：
G3 (Bethesda, Md.)
影响因子：
--
作者：
Abbey D;Hickman M;Gresham D;Berman J
通讯作者：
Berman J
DOI：
10.1073/pnas.0606958103
发表时间：
2006-10-03
影响因子：
11.1
作者：
Baum, Mary;Sanyal, Kaustuv;Carbon, John
通讯作者：
Carbon, John