Molecular evolution of human adenoviruses.
Molecular evolution of human adenoviruses.
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DOI：
10.1038/srep01812
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发表时间：
2013
影响因子：
4.6
通讯作者：
Chodosh, James
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Robinson, Christopher M.;Singh, Gurdeep;Lee, Jeong Yoon;Dehghan, Shoaleh;Rajaiya, Jaya;Liu, Elizabeth B.;Yousuf, Mohammad A.;Betensky, Rebecca A.;Jones, Morris S.;Dyer, David W.;Seto, Donald;Chodosh, James
最近出现的具有新的组织趋向性的高毒力人腺病毒(HAdv)突显了确定它们的个体发育的必要性。在这里，我们报告了完整的高质量的基因组序列和对HAdV物种内所有以前未测序的HAdV血清型(n=20)的分析。这些基因的核苷酸序列变异性与另外40个 HAdV原型(包括所有7个HAdV物种)一起分析，证实了物种内独特的高变区。与其他HAdV物种相比，HAdV-ds的突变率较低。在每种病毒的五个高变区中，至少有两个发现了同源重组，这表明HAdV-DS的进化高度依赖于同源重组。交替的GC和AT富含基序的模式与HAdV-D基因组中的高变区重组位点有很好的相关性，这表明DNA不稳定的部位导致了同源重组的公式化模式，并赋予了腺病毒进化的灵活性。
The recent emergence of highly virulent human adenoviruses (HAdVs) with new tissue tropisms underscores the need to determine their ontogeny. Here we report complete high quality genome sequences and analyses for all the previously unsequenced HAdV serotypes (n = 20) within HAdV species D. Analysis of nucleotide sequence variability for these in conjunction with another 40 HAdV prototypes, comprising all seven HAdV species, confirmed the uniquely hypervariable regions within species. The mutation rate among HAdV-Ds was low when compared to other HAdV species. Homologous recombination was identified in at least two of five examined hypervariable regions for every virus, suggesting the evolution of HAdV-Ds has been highly dependent on homologous recombination. Patterns of alternating GC and AT rich motifs correlated well with hypervariable region recombination sites across the HAdV-D genomes, suggesting foci of DNA instability lead to formulaic patterns of homologous recombination and confer agility to adenovirus evolution.
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