Potentials of single-cell genomics in deciphering cellular phenotypes.
Potentials of single-cell genomics in deciphering cellular phenotypes.
复制标题
单细胞基因组学在破译细胞表型方面的潜力。
DOI：
10.1016/j.pbi.2021.102059
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发表时间：
2021-10
影响因子：
9.5
通讯作者：
Huang SC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shojaee A;Saavedra M;Huang SC
单细胞基因组学，特别是单细胞转录组RNA测序分析(scRNA-seq)改变了将基因与功能、结构和最终表型联系起来的可能性。我们现在可以观察每个细胞的转录组及其邻近区域的变化，询问转录事件的顺序，并评估它们对后续事件的影响。生物学的这种范式转变使我们能够高精度地推断这些事件之间的因果关系。在这里，我们回顾了植物中最新的单细胞研究，揭示了细胞表型如何作为转录组过程的结果出现，如表达波、发育轨迹和对环境的反应以及空间信息。着眼于在动物和人类研究方面取得的进展，我们进一步强调了未来研究和发展所需的一些领域，包括计算方法。
Single-cell genomics and particularly single-cell transcriptome profiling by RNA sequencing (scRNA-seq) have transformed the possibilities to relate genes to functions, structures, and eventually phenotypes. We can now observe changes in each cell’s transcriptome and among its neighborhoods, interrogate the sequence of transcriptional events, and assess their influence on subsequent events. This paradigm shift in biology enables us to infer causal relationships in these events with high accuracy. Here we review the latest single-cell studies in plants that uncover how cellular phenotypes emerge as a result of the transcriptome process such as waves of expression, trajectories of development and responses to the environment, and spatial information. With an eye on the advances made in animal and human studies, we further highlight some of the needed areas for future research and development, including computational methods.
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通过单细胞 RNA 测序对气孔谱系细胞发育进行全局动态分子分析
影响因子：
27.5
作者：
Liu, Zhixin;Zhou, Yaping;Sun, Xuwu
通讯作者：
Sun, Xuwu
影响因子：
46.9
作者：
Fischer, David S.;Fiedler, Anna K.;Theis, Fabian J.
通讯作者：
Theis, Fabian J.
DOI：
10.1126/science.aaz6063
发表时间：
2020-11-27
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jin X;Simmons SK;Guo A;Shetty AS;Ko M;Nguyen L;Jokhi V;Robinson E;Oyler P;Curry N;Deangeli G;Lodato S;Levin JZ;Regev A;Zhang F;Arlotta P
通讯作者：
Arlotta P
影响因子：
10.7
作者：
Alexandre, Cristina M.;Urton, James R.;Queitsch, Christin
通讯作者：
Queitsch, Christin
影响因子：
64.5
作者：
Dixit, Atray;Pamas, Oren;Li, Biyu;Chen, Jenny;Fulco, Charles P.;Jerby-Amon, Livnat;Marjanovic, Nemanja D.;Dionne, Danielle;Burks, Tyler;Raychowdhury, Raktima;Adamson, Britt;Norman, Thomas M.;Lander, Eric S.;Weissman, Jonathan S.;Friedman, Nir;Regev, Aviv
通讯作者：
Regev, Aviv