MRP.py: A Parametrizer of Post-Translationally Modified Residues
MRP.py: A Parametrizer of Post-Translationally Modified Residues
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MRP.py：翻译后修饰残基的参数化器
DOI：
10.1021/acs.jcim.0c00472
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发表时间：
2020
影响因子：
5.6
通讯作者：
Goodwin, Douglas C.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sahrmann, Patrick G.;Donnan, Patrick H.;Merz, Kenneth M.;Mansoorabadi, Steven O.;Goodwin, Douglas C.
MRP.py是一个基于Python的参数化程序，用于分子动力学模拟的共价修饰氨基酸残基。通过RESP电荷拟合进行电荷推导，通过重写蛋白质或GAFF数据库参数获得力常数。这允许描述修饰的残基和蛋白质之间的界面相互作用。MRP.py能够处理各种蛋白质数据库。MRP.py的获得参数的高度通用和系统的方法允许用户避开参数化修饰的残基-蛋白质界面的过程。支持性信息中提供了两个示例，即共价结合抑制剂和由修饰残基组成的共价加合物。
MRP.py is a Python-based parametrization program for covalently modified amino acid residues for molecular dynamics simulations. Charge derivation is performed via an RESP charge fit, and force constants are obtained through rewriting of either protein or GAFF database parameters. This allows for the description of interfacial interactions between the modifed residue and protein. MRP.py is capable of working with a variety of protein databases. MRP.py’s highly general and systematic method of obtaining parameters allows the user to circumvent the process of parametrizing the modified residue–protein interface. Two examples, a covalently bound inhibitor and covalent adduct consisting of modified residues, are provided in the Supporting Information.
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Davidson VL
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