POVME: an algorithm for measuring binding-pocket volumes.
POVME: an algorithm for measuring binding-pocket volumes.
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DOI：
10.1016/j.jmgm.2010.10.007
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发表时间：
2011-02
影响因子：
2.9
通讯作者：
McCammon, J. Andrew
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Durrant, Jacob D.;de Oliveira, Cesar Augusto F.;McCammon, J. Andrew
从事计算机辅助药物设计的研究人员经常希望测量配体结合口袋的体积，以预测药理学。我们最近开发了一种简单的算法，称为POVME（POcket体积测量器），用于此目的。POVME是Python实现的，快速且免费。为了证明其实用性，我们使用新的算法来研究三个成员的基质金属蛋白酶家族的蛋白质。尽管这些蛋白质的结构相似，但结合口袋动力学的差异很容易识别。
Researchers engaged in computer-aided drug design often wish to measure the volume of a ligand-binding pocket in order to predict pharmacology. We have recently developed a simple algorithm, called POVME (POcket Volume MEasurer), for this purpose. POVME is Python implemented, fast, and freely available. To demonstrate its utility, we use the new algorithm to study three members of the matrix-metalloproteinase family of proteins. Despite the structural similarity of these proteins, differences in binding-pocket dynamics are easily identified.
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影响因子：
5.6
作者：
Chen, LY;Rydel, TJ;Barnett, BL
通讯作者：
Barnett, BL
DOI：
10.1165/ajrcmb.17.5.2562
发表时间：
1997-11-01
影响因子：
6.4
作者：
Mautino, G;Oliver, N;Capony, F
通讯作者：
Capony, F
影响因子：
2.9
作者：
Humphrey, W;Dalke, A;Schulten, K
通讯作者：
Schulten, K
影响因子：
2.7
作者：
Durrant, Jacob D.;de Oliveira, Cesar Augusto F.;McCammon, J. Andrew
通讯作者：
McCammon, J. Andrew
影响因子：
12.4
作者：
Cataldo, D;Munaut, C;Louis, R
通讯作者：
Louis, R