Solution structure of a unique G-quadruplex scaffold adopted by a guanosine-rich human intronic sequence.
Solution structure of a unique G-quadruplex scaffold adopted by a guanosine-rich human intronic sequence.
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DOI：
10.1016/j.str.2009.10.015
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发表时间：
2010-01-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Patel DJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kuryavyi V;Patel DJ
我们报道了富含鸟苷的人CHL1内含子d(G3-N-G4-N2-G4-N-G3-N)19-mer序列在含K+溶液中形成的前所未有的分子内G-四联体的溶液结构。这个G-四链体由三个堆叠的G-四联体组成，其中包含四个联鸟嘌呤，代表了一个新的折叠拓扑结构，具有两个独特的构象特征。第一个鸟苷位于中心G-四分体内，这与之前所有单分子G-四联体的结构不同，在单分子G-四联体中，第一个鸟苷是最外层的G-四分体的一部分。此外，横跨三个G-四分体平面的V形环不含桥核苷酸。G-四联体支架由一端堆叠在G-四分体上的T·G·A三元组和另一端堆叠在G-四分体上的未配对的鸟苷稳定。最后，CHL1内含子DNA G-四链支架包含一个鸟苷碱基，插入延长的G-G步骤之间，这一特征与I组内含子的催化位置相同。这种独特的结构支架为未来专门针对内含子G-四链平台的配体设计提供了一个高度特定的平台。
We report on the solution structure of an unprecedented intramolecular G-quadruplex formed by the guanosine-rich human chl1 intronic d(G3-N-G4-N2-G4-N-G3-N) 19-mer sequence in K+-containing solution. This G-quadruplex, composed of three stacked G-tetrads containing four syn guanines, represents a new folding topology with two unique conformational features. The first guanosine is positioned within the central G-tetrad, in contrast to all previous structures of unimolecular G-quadruplexes, where the first guanosine is part of an outermost G-tetrad. In addition, a V-shaped loop, spanning three G-tetrad planes, contains no bridging nucleotides. The G-quadruplex scaffold is stabilized by a T•G•A triple stacked over the G-tetrad at one end and an unpaired guanosine stacked over the G-tetrad at the other end. Finally, the chl1 intronic DNA G-quadruplex scaffold contains a guanosine base intercalated between an extended G-G step, a feature observed in common with the catalytic site of group I introns. This unique structural scaffold provides a highly specific platform for the future design of ligands specifically targeted to intronic G-quadruplex platforms.
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