DNA origami words, graphical structures and their rewriting systems
DNA origami words, graphical structures and their rewriting systems
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DNA折纸文字、图形结构及其重写系统
DOI：
10.1007/s11047-020-09825-z
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发表时间：
2021
影响因子：
2.1
通讯作者：
Saito, Masahico
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Garrett, James;Jonoska, Nataša;Kim, Hwee;Saito, Masahico
我们将矩形DNA折纸结构根据其支架和订书钉组织进行分类，并将每个支架折叠的图形表示相关联。受坦波利-利布代数的启发，我们确定了构成结构的基本模块。图形描述是通过将基本模块一个粘合到另一个上而获得的。对于每个模块，我们关联一个符号，这样模块的粘合就对应于关联符号的连接。每个单词对应于DNA折纸结构的图形表示。一组重写规则定义了对应于相同图形结构的等效单词。我们提出了两种不同类型的基本模块结构和相应的重写规则。对于每种类型，我们通过单词等价类的数量提供所有可能结构的数量。我们还给出了一个多项式时间算法来计算每个等价类的最短单词。
We classify rectangular DNA origami structures according to their scaffold and staples organization by associating a graphical representation to each scaffold folding. Inspired by well studied Temperley–Lieb algebra, we identify basic modules that form the structures. The graphical description is obtained by ‘gluing’ basic modules one on top of the other. To each module we associate a symbol such that gluing of modules corresponds to concatenating the associated symbols. Every word corresponds to a graphical representation of a DNA origami structure. A set of rewriting rules defines equivalent words that correspond to the same graphical structure. We propose two different types of basic module structures and corresponding rewriting rules. For each type, we provide the number of all possible structures through the number of equivalence classes of words. We also give a polynomial time algorithm that computes the shortest word for each equivalence class.
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DOI：
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通讯作者：
P. Rothemund
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