Characterization of Atg38 and NRBF2, a fifth subunit of the autophagic Vps34/PIK3C3 complex.
Characterization of Atg38 and NRBF2, a fifth subunit of the autophagic Vps34/PIK3C3 complex.
复制标题
DOI：
10.1080/15548627.2016.1226736
复制
发表时间：
2016-11
期刊：
影响因子：
13.3
通讯作者：
Williams RL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ohashi Y;Soler N;García Ortegón M;Zhang L;Kirsten ML;Perisic O;Masson GR;Burke JE;Jakobi AJ;Apostolakis AA;Johnson CM;Ohashi M;Ktistakis NT;Sachse C;Williams RL
磷脂酰肌醇3-激酶Vps 34是几种蛋白质复合物的一部分。异源四聚体复合物的结构组织开始出现，但鲜为人知的是，与这些组件相互作用的其他辅助亚基的组织。结合氢-氘交换质谱（HDX-MS）、X射线晶体学和电子显微镜（EM），我们表征了Atg 38及其人直系同源物NRBF 2，其是由Vps 15-Vps 34-Vps 30/Atg 6-Atg 14（酵母）和PIK 3R 4/VPS 15-PIK 3C 3/VPS 34-BECN 1/Beclin 1-ATG 14（人）组成的复合物I的辅助组分。HDX-MS显示Atg 38主要利用其N-末端MIT结构域结合复合物I的Vps 30-Atg 14亚复合物，并桥接复合物I的基础中Atg 14和Vps 30的卷曲螺旋I区。Atg 38 C-末端结构域对于定位于吞噬体组装位点（PAS）和同源二聚化是重要的。Atg 38 C-末端同源二聚化结构域的2.2 μ m分辨率晶体结构显示2段α-螺旋组装成蘑菇状不对称同源二聚体，具有4-螺旋帽和平行卷曲螺旋柄。一个Atg 38同二聚体与一个复合物I结合。这与人NRBF 2形成鲜明对比，人NRBF 2也形成同源二聚体，但这种同源二聚体可以桥接2个复合物I组装体。
The phosphatidylinositol 3-kinase Vps34 is part of several protein complexes. The structural organization of heterotetrameric complexes is starting to emerge, but little is known about organization of additional accessory subunits that interact with these assemblies. Combining hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS), X-ray crystallography and electron microscopy (EM), we have characterized Atg38 and its human ortholog NRBF2, accessory components of complex I consisting of Vps15-Vps34-Vps30/Atg6-Atg14 (yeast) and PIK3R4/VPS15-PIK3C3/VPS34-BECN1/Beclin 1-ATG14 (human). HDX-MS shows that Atg38 binds the Vps30-Atg14 subcomplex of complex I, using mainly its N-terminal MIT domain and bridges the coiled-coil I regions of Atg14 and Vps30 in the base of complex I. The Atg38 C-terminal domain is important for localization to the phagophore assembly site (PAS) and homodimerization. Our 2.2 Å resolution crystal structure of the Atg38 C-terminal homodimerization domain shows 2 segments of α-helices assembling into a mushroom-like asymmetric homodimer with a 4-helix cap and a parallel coiled-coil stalk. One Atg38 homodimer engages a single complex I. This is in sharp contrast to human NRBF2, which also forms a homodimer, but this homodimer can bridge 2 complex I assemblies.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.7
作者：
Swapna LS;Srikeerthana K;Srinivasan N
通讯作者：
Srinivasan N
影响因子：
16.6
作者：
Lu, Jiahong;He, Liqiang;Behrends, Christian;Araki, Masatake;Araki, Kimi;Wang, Qing Jun;Catanzaro, Joseph M.;Friedman, Scott L.;Zong, Wei-Xing;Fiel, M. Isabel;Li, Min;Yue, Zhenyu
通讯作者：
Yue, Zhenyu
影响因子：
48
作者：
Kastner, Berthold;Fischer, Niels;Stark, Holger
通讯作者：
Stark, Holger
DOI：
10.1083/jcb.200907014
发表时间：
2009-09-21
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Simonsen A;Tooze SA
通讯作者：
Tooze SA
影响因子：
3
作者：
Tang, Guang;Peng, Liwei;Ludtke, Steven J.
通讯作者：
Ludtke, Steven J.