Cytidine derivatives as IspF inhibitors of Burkolderia pseudomallei.
Cytidine derivatives as IspF inhibitors of Burkolderia pseudomallei.
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胞苷衍生物作为鼻疽伯克氏菌的 IspF 抑制剂。
DOI：
10.1016/j.bmcl.2013.09.101
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发表时间：
2013
影响因子：
2.7
通讯作者：
Hagen,TimothyJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang,Zheng;Jakkaraju,Sriram;Blain,Joy;Gogol,Kenneth;Zhao,Lei;Hartley,RobertC;Karlsson,CourtneyA;Staker,BartL;Edwards,ThomasE;Stewart,LanceJ;Myler,PeterJ;Clare,Michael;Begley,DarrenW;Horn,JamesR;Hagen,TimothyJ
已发表的生物学数据表明，甲基双磷酸（MEP）途径，一种非甲羟戊酸类异戊二烯生物合成途径，是某些细菌和其他传染病生物体所必需的。MEP途径中的一种高度保守的酶是2C-甲基-d-d2，4-环二磷酸合酶（IspF）。来自类鼻疽伯克霍尔德氏菌的IspF的片段结合复合物用于设计和合成一系列将胞苷部分连接到不同锌口袋片段结合剂的分子。通过表面等离子体共振（SPR）测试发现，该系列中的一个分子具有与胞苷二磷酸相同的结合亲和力，尽管缺乏任何金属配位磷酸基团。SPR数据的仔细检查表明IspF和测试化合物之间的不同结合化学计量。晶体学分析表明，一个合成的化合物的结合模式和结合片段的姿势，它的设计之间的重要变化。这些分子的结合模式增加了我们对IspF的结构知识基础，并建议在该化合物系列中进行进一步改进。
Published biological data suggest that the methyl erythritol phosphate (MEP) pathway, a non-mevalonate isoprenoid biosynthetic pathway, is essential for certain bacteria and other infectious disease organisms. One highly conserved enzyme in the MEP pathway is 2C-methyl-d-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase (IspF). Fragment-bound complexes of IspF from Burkholderia pseudomallei were used to design and synthesize a series of molecules linking the cytidine moiety to different zinc pocket fragment binders. Testing by surface plasmon resonance (SPR) found one molecule in the series to possess binding affinity equal to that of cytidine diphosphate, despite lacking any metal-coordinating phosphate groups. Close inspection of the SPR data suggest different binding stoichiometries between IspF and test compounds. Crystallographic analysis shows important variations between the binding mode of one synthesized compound and the pose of the bound fragment from which it was designed. The binding modes of these molecules add to our structural knowledge base for IspF and suggest future refinements in this compound series.
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影响因子：
4.2
作者：
Wangtrakuldee, Phumvadee;Byrd, Matthew S.;Campos, Cristine G.;Henderson, Michael W.;Zhang, Zheng;Clare, Michael;Masoudi, Ali;Myler, Peter J.;Horn, James R.;Cotter, Peggy A.;Hagen, Timothy J.
通讯作者：
Hagen, Timothy J.
影响因子：
3
作者：
Ruangweerayut, Ronnatrai;Looareesuwan, Sornchai;Hutchinson, David;Chauemung, Anurak;Banmairuroi, Vick;Na-Bangchang, Kesara
通讯作者：
Na-Bangchang, Kesara
影响因子：
2
作者：
J. Wiesner;S. Borrmann;H. Jomaa
通讯作者：
J. Wiesner;S. Borrmann;H. Jomaa
影响因子：
7.3
作者：
Ramsden NL;Buetow L;Dawson A;Kemp LA;Ulaganathan V;Brenk R;Klebe G;Hunter WN
通讯作者：
Hunter WN
影响因子：
6.7
作者：
Odom AR
通讯作者：
Odom AR