Sequence- and structure-specific cytosine-5 mRNA methylation by NSUN6.
Sequence- and structure-specific cytosine-5 mRNA methylation by NSUN6.
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通过NSUN 6进行的序列和结构特异性胞嘧啶-5 mRNA甲基化。
DOI：
10.1093/nar/gkaa1193
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发表时间：
2021-01-25
影响因子：
14.9
通讯作者：
Frye M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Selmi T;Hussain S;Dietmann S;Heiß M;Borland K;Flad S;Carter JM;Dennison R;Huang YL;Kellner S;Bornelöv S;Frye M
高度丰富的N6-甲基腺苷(M6A)RNA修饰影响了mRNA功能的大部分方面，但更罕见的5-甲基胞苷(M5C)的确切功能在很大程度上仍不清楚。在这里，我们使用甲基化依赖的单核苷酸拆分交联和免疫沉淀(MiCLIP)结合RNA亚硫酸盐测序来定位人类转录组中的M5C。我们认为NSUN6是一种底物特异性很强的甲基转移酶。NSUN6主要针对位于发夹结构环中的一致序列基序CTCCA的三个主要非翻译区(3‘UTR)。基因敲除和挽救实验显示，当NSUN6靶向的mRNAs甲基化时，mRNA和翻译水平都有所提高。核糖体分析进一步证明，NSUN6特异性甲基化与翻译终止相关。虽然NSUN6对小鼠胚胎发育是必不可少的，但它在人类肿瘤中表达下调，NSUN6的高表达表明某些癌症类型的患者预后较好。综上所述，我们的研究确定NSUN6是一种针对mRNA的甲基转移酶，可能是参与翻译终止保真度的质量控制机制的一部分。
The highly abundant N6-methyladenosine (m6A) RNA modification affects most aspects of mRNA function, yet the precise function of the rarer 5-methylcytidine (m5C) remains largely unknown. Here, we map m5C in the human transcriptome using methylation-dependent individual-nucleotide resolution cross-linking and immunoprecipitation (miCLIP) combined with RNA bisulfite sequencing. We identify NSUN6 as a methyltransferase with strong substrate specificity towards mRNA. NSUN6 primarily targeted three prime untranslated regions (3′UTR) at the consensus sequence motif CTCCA, located in loops of hairpin structures. Knockout and rescue experiments revealed enhanced mRNA and translation levels when NSUN6-targeted mRNAs were methylated. Ribosome profiling further demonstrated that NSUN6-specific methylation correlated with translation termination. While NSUN6 was dispensable for mouse embryonic development, it was down-regulated in human tumours and high expression of NSUN6 indicated better patient outcome of certain cancer types. In summary, our study identifies NSUN6 as a methyltransferase targeting mRNA, potentially as part of a quality control mechanism involved in translation termination fidelity.
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DOI：
10.1093/biostatistics/kxr054
发表时间：
2012-04
期刊：
Biostatistics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Hansen KD;Irizarry RA;Wu Z
通讯作者：
Wu Z
核糖体分析揭示了果蝇果蝇中普遍存在的终止密码子读取。
影响因子：
7.7
作者：
Dunn JG;Foo CK;Belletier NG;Gavis ER;Weissman JS
通讯作者：
Weissman JS
DOI：
10.15252/embj.201694885
发表时间：
2016-10-04
期刊：
The EMBO journal
影响因子：
--
作者：
Haag S;Sloan KE;Ranjan N;Warda AS;Kretschmer J;Blessing C;Hübner B;Seikowski J;Dennerlein S;Rehling P;Rodnina MV;Höbartner C;Bohnsack MT
通讯作者：
Bohnsack MT
影响因子：
8.8
作者：
Hussain S;Sajini AA;Blanco S;Dietmann S;Lombard P;Sugimoto Y;Paramor M;Gleeson JG;Odom DT;Ule J;Frye M
通讯作者：
Frye M
影响因子：
3.5
作者：
Borland, Kayla;Diesend, Jan;Kellner, Stefanie
通讯作者：
Kellner, Stefanie