MEPP: more transparent motif enrichment by profiling positional correlations.
MEPP: more transparent motif enrichment by profiling positional correlations.
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DOI：
10.1093/nargab/lqac075
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发表时间：
2022-12
影响因子：
4.6
通讯作者：
Benner, Christopher
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Delos Santos, Nathaniel P.;Duttke, Sascha;Heinz, Sven;Benner, Christopher
基于得分的基序富集分析（MEA）通常应用于调控DNA以推断可能在不同条件下调节转录和染色质状态的转录因子（TF）。大多数MEA方法确定基序富集独立于序列内的基序位置，即使当那些序列具有基序及其结合的TF可以以距离依赖性方式功能性相互作用的锚点时，如其他TF结合基序、转录起始位点（TSS）、测序测定切割位点或其他生物学上有意义的特征。我们开发了基序富集位置分析（MEPP），一种新的MEA方法，该方法输出给定TF结合基序相对于分析序列内的关键锚点（例如转录起始位点或其他基序）的位置富集概况，同时考虑低阶核苷酸偏倚。使用转录起始和TF结合作为测试案例，我们证明了MEPP的效用，在确定序列的位置，其中基序的存在与生物活性的措施，推断结合位点功能的位置依赖性。我们演示了如何MEPP可以应用于解释和假设生成的实验，量化转录起始，染色质结构，或TF结合测量。MEPP可从https://github.com/npdeloss/mepp下载。
Score-based motif enrichment analysis (MEA) is typically applied to regulatory DNA to infer transcription factors (TFs) that may modulate transcription and chromatin state in different conditions. Most MEA methods determine motif enrichment independent of motif position within a sequence, even when those sequences harbor anchor points that motifs and their bound TFs may functionally interact with in a distance-dependent fashion, such as other TF binding motifs, transcription start sites (TSS), sequencing assay cleavage sites, or other biologically meaningful features. We developed motif enrichment positional profiling (MEPP), a novel MEA method that outputs a positional enrichment profile of a given TF’s binding motif relative to key anchor points (e.g. transcription start sites, or other motifs) within the analyzed sequences while accounting for lower-order nucleotide bias. Using transcription initiation and TF binding as test cases, we demonstrate MEPP’s utility in determining the sequence positions where motif presence correlates with measures of biological activity, inferring positional dependencies of binding site function. We demonstrate how MEPP can be applied to interpretation and hypothesis generation from experiments that quantify transcription initiation, chromatin structure, or TF binding measurements. MEPP is available for download from https://github.com/npdeloss/mepp.
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影响因子：
7
作者：
Duttke, Sascha H.;Chang, Max W.;Benner, Christopher
通讯作者：
Benner, Christopher
DOI：
10.1038/nrm3949
发表时间：
2015-03
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Heinz S;Romanoski CE;Benner C;Glass CK
通讯作者：
Glass CK
影响因子：
3
作者：
Westholm JO;Xu F;Ronne H;Komorowski J
通讯作者：
Komorowski J
影响因子：
46.9
作者：
He, Qiye;Johnston, Jeff;Zeitlinger, Julia
通讯作者：
Zeitlinger, Julia
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK