Lineage-Determining Transcription Factor TCF-1 Initiates the Epigenetic Identity of T Cells.
Lineage-Determining Transcription Factor TCF-1 Initiates the Epigenetic Identity of T Cells.
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DOI：
10.1016/j.immuni.2018.01.012
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发表时间：
2018-02-20
期刊：
影响因子：
32.4
通讯作者：
Vahedi G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Johnson JL;Georgakilas G;Petrovic J;Kurachi M;Cai S;Harly C;Pear WS;Bhandoola A;Wherry EJ;Vahedi G
T细胞的发育是由转录因子协调的，这些转录因子调节最初埋藏在不可接近的染色质中的基因的表达，但建立T细胞谱系调控格局的转录因子仍然未知。分析T细胞发育的八个阶段的染色质可及性揭示了TCF-1在基因组区域的选择性浓缩，这些区域在发育的最早阶段就变得可及。这些调控元件的可及性还需要TCF-1，在单细胞水平上，它决定了T细胞中染色质的协调开放。Tcf-1在成纤维细胞中的表达甚至在带有抑制标记的染色质区域产生了从头开始的染色质可及性，诱导了T细胞限制性基因的表达。这些结果表明，TCF-1控制T细胞命运的一个机制是通过其广泛的靶向沉默染色质的能力，并建立T细胞的表观遗传学特性。已知TCF-1是T细胞发育所必需的，但它控制T细胞谱系的机制尚不清楚。Johnson等人揭示，TCF-1通过产生从头开始开放的染色质的能力控制T细胞的命运，建立T细胞的表观遗传学身份。
T cell development is orchestrated by transcription factors that regulate the expression of genes initially buried within inaccessible chromatin, but the transcription factors that establish the regulatory landscape of the T cell lineage remain unknown. Profiling chromatin accessibility at eight stages of T cell development revealed the selective enrichment of TCF-1 at genomic regions that became accessible at the earliest stages of development. TCF-1 was further required for the accessibility of these regulatory elements and at the single-cell level, it dictated a coordinate opening of chromatin in T cells. TCF-1 expression in fibroblasts generated de novo chromatin accessibility even at chromatin regions with repressive marks, inducing the expression of T cell-restricted genes. These results indicate that a mechanism through which TCF-1 controls T cell fate is through its widespread ability to target silent chromatin and establish the epigenetic identity of T cells. It is known that TCF-1 is required for T cell development, but the mechanism by which it controls the T cell lineage remains unclear. Johnson et al reveal that TCF-1 controls T cell fate through its ability to create de novo open chromatin, establishing the epigenetic identity of T cells.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
64.8
作者：
Im SJ;Hashimoto M;Gerner MY;Lee J;Kissick HT;Burger MC;Shan Q;Hale JS;Lee J;Nasti TH;Sharpe AH;Freeman GJ;Germain RN;Nakaya HI;Xue HH;Ahmed R
通讯作者：
Ahmed R
影响因子：
5.4
作者：
Naviaux, RK;Costanzi, E;Verma, IM
通讯作者：
Verma, IM