Pythoscape: a framework for generation of large protein similarity networks.
Pythoscape: a framework for generation of large protein similarity networks.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts532
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发表时间：
2012-11-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Babbitt PC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Barber AE 2nd;Babbitt PC
Pythoscape是一个用Python语言实现的框架，用于处理大型蛋白质相似网络，以便在其他软件包中可视化。蛋白质相似性网络是蛋白质之间序列、结构和其他相似性的图形表示，已经计算了蛋白质的成对All-by-all相似性连接。将生物和其他信息映射到网络节点或边缘，可以创建关于相关蛋白质组之间的序列-结构-功能关系的假设。Pythoscape提供了几个选项来计算输入序列或结构的成对相似性，将过滤器应用于网络边缘，并将相似节点及其关联数据集定义为单个节点(称为代表性节点)，用于压缩网络信息和输出数据或格式化文件以用于可视化。联系人：Babbitt@cgl.ucsf.edu补充信息：补充数据可从BioInformation Online获得。
Pythoscape is a framework implemented in Python for processing large protein similarity networks for visualization in other software packages. Protein similarity networks are graphical representations of sequence, structural and other similarities among proteins for which pairwise all-by-all similarity connections have been calculated. Mapping of biological and other information to network nodes or edges enables hypothesis creation about sequence–structure–function relationships across sets of related proteins. Pythoscape provides several options to calculate pairwise similarities for input sequences or structures, applies filters to network edges and defines sets of similar nodes and their associated data as single nodes (termed representative nodes) for compression of network information and output data or formatted files for visualization. Contact: babbitt@cgl.ucsf.edu Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq675
发表时间：
2011-02-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Smoot ME;Ono K;Ruscheinski J;Wang PL;Ideker T
通讯作者：
Ideker T
影响因子：
14.9
作者：
UniProt Consortium
通讯作者：
UniProt Consortium
影响因子：
14.9
作者：
Rattei T;Tischler P;Götz S;Jehl MA;Hoser J;Arnold R;Conesa A;Mewes HW
通讯作者：
Mewes HW
影响因子：
2.9
作者：
Atkinson, Holly J.;Babbitt, Patricia C.
通讯作者：
Babbitt, Patricia C.
影响因子：
3.7
作者：
Atkinson, Holly J.;Morris, John H.;Ferrin, Thomas E.;Babbitt, Patricia C.
通讯作者：
Babbitt, Patricia C.