The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments.
The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments.
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DOI：
10.1038/nprot.2012.086
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发表时间：
2012-07-26
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
Weissman, Jonathan S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ingolia, Nicholas T.;Brar, Gloria A.;Rouskin, Silvia;McGeachy, Anna M.;Weissman, Jonathan S.
最近的研究强调了翻译控制在确定蛋白质丰度中的重要性，强调了在翻译水平上测量基因表达的价值。我们提出了一种通过深度测序进行体内翻译的全基因组定量分析的方案。这种核糖体分析方法通过核酸酶足迹法绘制核糖体在转录物上的确切位置。使用使偏差最小化的策略将核酸酶保护的mRNA片段转化成适合于深度测序的DNA文库。深度测序数据中不同足迹片段的丰度报告了基因的翻译量。此外，足迹揭示了转录组被翻译的确切区域。为了更好地定义翻译的阅读框架，我们描述了一种适应，揭示了翻译起始的网站，通过预处理细胞三尖杉酯碱，以抑制启动核糖体。我们描述的方案需要5-7天来产生完整的核糖体谱测序文库。测序和数据分析还需要4 - 5天。
Recent studies highlight the importance of translational control in determining protein abundance, underscoring the value of measuring gene expression at the level of translation. We present a protocol for genome-wide, quantitative analysis of in vivo translation by deep sequencing. This ribosome profiling approach maps the exact positions of ribosomes on transcripts by nuclease footprinting. The nuclease-protected mRNA fragments are converted into a DNA library suitable for deep sequencing using a strategy that minimizes bias. The abundance of different footprint fragments in deep sequencing data reports on the amount of translation of a gene. Additionally, footprints reveal the exact regions of the transcriptome that are translated. To better define translated reading frames, we describe an adaptation that reveals the sites of translation initiation by pre-treating cells with harringtonine to immobilize initiating ribosomes. The protocol we describe requires 5–7 days to generate a completed ribosome profiling sequencing library. Sequencing and data analysis requires a further 4 – 5 days.
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影响因子：
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作者：
Hansen KD;Brenner SE;Dudoit S
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Dudoit S
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Dinger ME;Pang KC;Mercer TR;Mattick JS
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Mattick JS
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Hsieh, Andrew C.;Liu, Yi;Edlind, Merritt P.;Ingolia, Nicholas T.;Janes, Matthew R.;Sher, Annie;Shi, Evan Y.;Stumpf, Craig R.;Christensen, Carly;Bonham, Michael J.;Wang, Shunyou;Ren, Pingda;Martin, Michael;Jessen, Katti;Feldman, Morris E.;Weissman, Jonathan S.;Shokat, Kevan M.;Rommel, Christian;Ruggero, Davide
通讯作者：
Ruggero, Davide
DOI：
10.1111/j.1432-1033.1977.tb11256.x
发表时间：
1977-01-01
期刊：
EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
FRESNO, M;JIMENEZ, A;VAZQUEZ, D
通讯作者：
VAZQUEZ, D